【摘 要】
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生物信息学是生命科学中非常活跃的领域之一,各类生物信息学数据库在近年不断出现,其规模呈爆炸趋势增长,几乎覆盖了生命科学的各个领域,最知名的是三大数据库 GenBank、EMBL
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生物信息学是生命科学中非常活跃的领域之一,各类生物信息学数据库在近年不断出现,其规模呈爆炸趋势增长,几乎覆盖了生命科学的各个领域,最知名的是三大数据库 GenBank、EMBL、DDBJ。 本文首先详细介绍了 GenBank 的数据结构,分析了 GenBank 中的单核苷酸多态性(SNP)数据库的数据字典、以及数据字典之间的相互关系,然后以 GenBank 提供的信息和生物数据为基础,构建了一个二级本地数据库—SNP 数据库。本课题构建的 SNP 数据库中的所有数据来自于 NCBI,通过对下载的原始数据进行整理和提取,全部导入本地数据库,以方便进一步研究使用。数据库的构建以大家熟悉的 PCWINDOWS 操作系统为系统平台,用中国现在使用最广的 SQLSERVER 2000 软件构建。文中给出了构建数据库、数据字典、数据字典之间相互关系和数据更新的部分代码,最后检索了一部分数据,并加以注释。 在生物信息数据的处理和分析方面,序列比对算法是生物信息学中重要的分析方法之一。本文对两序列相似性比对算法中用到的打分系统作出了进一步的改进,在氨基酸序列比对时不用固定的 PAM 250进化距离分值系统,而是根据比对序列的实际情况,动态地改变两比
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