在科技创新企业中，企业的发展很大程度上依赖于科技人才的持续技术创新活动，核心科技人员在科技创新型企业生存和发展中所起的作用远远大于其他类型的企业。因此，研究如何吸引和保留科技人才以及怎样激发他们技术创新的积极性与创造性，推动自主创新和科技成果转化，是科技创新企业，也是各级政府部门面临的关键问题之一。然而，在我国大部分科技创新型企业中，首先存在人力资本激励机制尚未健全的问题，激励手段单一；其次，在实行股权激励制度的科技创新型企业中，往往也存在实施细则不明确、缺乏完善的规章制度等问题。通过理论研究、股权激励模型、实证检验以及案例分析相结合的研究方法，本文对科技创新型企业股权激励进行了系统分析。首先通过文献梳理、理论研究等方法，在对南京科技广场150家企业数据调查研究的基础上，对南京市科技创新型企业实施股权激励的现状、存在的问题、面临的障碍和需要怎样的政策配套等作了详细描述；其次，完善股权激励机制，建立股权合约模型，探索了科技创新型企业出资人与创新劳动者的最优化期望收益，并在此基础上通过实证检验，研究了现有科技创新型企业股权激励绩效的影响因素；最后，在案例分析的基础上提出相应的政策建议。通过系统研究，得出以下结论：1、股票期权激励模型存在一个有趣的现象，在补偿收人的边际增长相同的情况下，创新劳动者更偏好于选择减少预期执行价格X的那一种合约形式。这是因为，在执行价格X递减的情况下，创新劳动者的收人呈递增趋势。而当股票期权的授予数量q增加时，创新劳动者的收入向分布的最高端偏离；2、在基于Black-Scholes模型的股票期权绩效影响因素实证中，控股类型、企业的成长机会、股权集中度以及资本结构直接关系到股权激励的效果，其中企业控股类型影响最为显著，回归系数为2.3026，并在1%的水平下显著；3、实地访谈案例分析中，访谈企业股权激励实施的障碍是股权稀释、行权资金、入股技术价值评估和股权流动性问题。政府需要对有关的法律法规进行必要的修订，使股权激励计划制度化，提供专项的财政资金，最高可为1000万元，而激励资金的股份期权占公司股份的比例不能超过20%；同时企业可以提取不超过近3年税后利润的净资产增值额的30%用于股权激励；政府积极建立股权评价与OTC市场。