在对1997年亚洲金融危机的反思中，银行体系的脆弱性与商业银行公司治理之间的联系受到了空前的重视。人们发现，商业银行与一般企业之间存在的实质性差异对常规的公司治理理论构成了挑战，这为全面研究商业银行的公司治理提供了必要性，同时，鉴于商业银行在国民经济中的重要作用以及银行业危机对整个经济的巨大外部效应，商业银行公司治理研究的重要性不容置疑。因而，探究商业银行公司治理的特殊机制，寻求商业银行特殊性与一般公司治理理论的有机结合，这成为了理论界和实践领域关注的焦点。本文从商业银行的特殊性出发，构建了商业银行公司治理的理论框架，并将其形式化为数理模型，进而对其中的主要论断做了经验检验。全文共分六章。第一章是全文的导论。首先介绍了商业银行公司治理问题的研究背景及其理论和现实意义，然后对本文涉及的相关概念进行了定义和规范，进而对本文的研究思路、结构安排和主要创新点作了概括。第二章回顾了商业银行公司治理领域的主要文献，并将这一领域的文献归入三个主题进行了综述，分别是：商业银行公司治理的目标研究，实现上述目标的治理机制研究，以及具体的公司治理操作指引。其中，对商业银行公司治理机制的研究又细分为：理论框架的构建、数理模型的推演以及经验数据的分析三个部分。第三章从商业银行特殊性的角度，为商业银行公司治理构建了一个理论框架。首先，基于存款业务和贷款业务这两个商业银行的定义性特征，对商业银行最本质的特殊性进行了梳理，进而，归纳了由这些特殊性所派生商业银行特殊的公司治理环境。以此为背景，本文提出商业银行公司治理目标的两个层次：一是设计适当的存款保险制度，并配以相应的稳健性管制和监管安排，二是在存款保险安排不发生变化的前提下，通过其他公司治理机制的设计和调整，追求银行资产价值(托宾Q值)的最大化。然后，在商业银行公司治理目标和特殊环境的背景下，提出了商业银行公司治理结构设计的四个导向：强化信息披露以便充分发挥声誉机制的作用，完善存款保险以及稳健性管制和监管安排，兼顾股东和债权人利益的保护，把握政府参与银行业治理的尺度。最后，在上述导向的基础上，探讨了商业银行公司治理机制的具体安排和建议。第四章按照假定-建模-命题的模式，为第三章的理论分析构建了数理模型。通过对银行内部人道德风险行为的建模描述，在理性的内部人将权衡利弊以选择对自身更为有利的行为策略的思想下，从激励相容的角度论证了商业银行公司治理所面临的多种特殊环境所产生的影响，以及各种治理机制的作用机理和效果，得到了相应的命题和推论。第五章利用经验数据对第四章建立的理论模型进行了实证检验。首先，根据相应的命题和推论提出了待检验的假设，既而介绍了全球样本的构建依据、相关变量的定义和数据来源、以及计量检验使用的方法，最后，从存款保险与稳健性管制监管的组合、各类公司治理机制对银行资产价值的影响以及国有控股银行的治理研究三个角度，对经验检验的结果进行了报导，实证结果对绝大多数理论命题的正确性提供了证据。第六章是全文的总结。一方面，对全文的主要结论进行了归纳整理，另一方面，也指出了研究中存在的缺憾，以及可供未来继续研究的方向。