本文以市场微观结构理论为基础,以1992年初至2016年末在沪深A股上市且上市时间满一年的股票为研究样本,采用Hasbrouck提出的贝叶斯抽样估计方法,以沪深A股股票的日收盘价为数据来估量我国股票市场指令驱动制度下的隐性交易成本。同时,基于隐性交易成本的分析视角,根据估量结果考察我国股票市场的运行绩效及影响市场运行绩效的因素,使用多元回归方法分析价格、成交量、股价方差、换手率等因素对市场绩效的影响情况,并与以市场质量指数为基础的回归结果进行对比,说明隐性交易成本分析市场绩效的有效性。最后根据实证结果提出建议和政策措施。研究结果如下:(1)沪深A股的隐性交易成本在样本区间内处于上下波动的状态,2001年之前波动范围较大,但自2001年开始波动渐趋稳定,维持在一个固定的区间内。(2)与深证A股市场相比,上证A股市场隐性交易成本的波动状态更为剧烈,但在1996年之后,两个市场隐性交易成本的变化趋势基本吻合,且无显著差异。(3)以隐性交易成本与市场质量指数为指标,分别对影响上证A股市场运行绩效的因素进行分析,其结果基本相同,且隐性交易成本能更准确地反映市场质量。(4)价格、成交量、换手率与中国股票市场的运行绩效成正相关,股价方差、市盈率与中国股票市场的运行绩效成负相关。本文建议,完善股票市场交易制度,提供完备的交易机制,深化市场信息建设,加强信息披露制度,减少内幕操纵行为,改善信息不对称性,优化上市公司股权制度,加大流通股份比率。最终降低隐性交易成本,提高我国股票市场的运行绩效。