综合交通运输系统是由公路、铁路、航空、水路、管道等各种运输方式及其枢纽的基础设施等“硬件”以及相应的组织管理和服务体系等“软件”构成的一体化平台。建设满足需求的、完善的综合交通运输系统，实现交通运输的可持续发展，不仅是社会经济发展的要求，也是政府、运输企业和消费者共同关注的重要问题。我国自上世纪60年代提出并开始建设综合交通运输系统以来取得了很大成就，但随着产业和行业升级以及由分散到综合的发展方式的转变，交通运输系统的复杂性日益凸显，导致存在很多问题，如管理体制、投融资体制、负外部性等。这些问题从表面上看是交通运输发展水平不能满足日益增长的客货运需求，其本质上却是一种治理问题，即综合交通运输系统的治理相对于其治理需求来说处于滞后状态，因而不能适应变化着的社会经济条件及越发复杂的治理环境。而这些问题单靠政府的管理是无法解决的。因而，应动员政府、市场、企业、公民共同完成体系的建设，创新治理模式与机制，最大限度满足各类群体的利益和权益需求并充分考虑可持续发展原则。 　　本文首先对综合交通运输系统和治理理论等相关文献进行了研究和总结，明确了相关概念与理论基础；进而用系统论分析了综合交通运输系统的系统特征，并定性和定量分析了我国的交通运输体系建设和发展现状，指出了综合交通运输作为一个大系统所存在的问题及相应的治理需求；针对我国的现实特征，界定了我国综合交通运输系统治理模式主体，并确立了政府在治理中的主导地位，在此基础上提出了我国综合交通运输系统治理模式的构建原则及其双边或多边治理模式，设计了其运行流程并提出了互动机制、协调机制等运行机制；最后在总结发达国家综合交通运输实践经验的基础上，借鉴其启示，并运用平衡记分卡的理论和方法提出了战略规划、基础平台构建、支撑体系建设、治理主体间关系重构等相应的政策建议。