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非酒精性脂肪性肝病(non-alcoholic fatty liver disease, NAFLD)是包括单纯性脂肪肝到脂肪性肝硬化的组疾病谱,已经成为许多国家慢性肝病的主要病因。近年来大量研究表明,高脂饮食诱导的肠道菌群结构失衡在NAFLD等代谢性疾病的发生过程中起着重要作用。本研究分析了临床上广泛使用的剂中药(祛湿化瘀方)在治疗高脂饮食诱导的NAFLD大鼠模型过程中对肠道菌群的调节作用。和高脂饮食组(High-fat diet group, HFD)相比,中药治疗组(Chinese herbal formula treatment group, CHF)动物的体重显著降低,肝脏细胞脂肪变性程度有所减轻,肝脏甘油三酯和游离脂肪酸的含量也显著降低。通过对16S rDNA V3区的变性梯度凝胶电泳和bar-coded 454测序技术来监测大鼠肠道菌群结构的变化。我们发现CHF组动物的肠道菌群结构和正常饮食对照组(Normal chow diet group, NC)、HFD组相比有显著变化。使用偏最小二乘法判别分析和各分类水平上的分析寻找与NAFLD致病以及CHF治疗紧密相关的细菌类群。结果发现,Escherichia/Shigella属的细菌在HFD组中数量显著增加(P=0.028),CHF治疗可以使其降低到正常水平,该属细菌中包含着大量的机会致病菌。Collinsella属的细菌在CHF治疗之后数量显著增加(P=0.015),该属细菌多数可以产生短链脂肪酸,对肠上皮细胞维持正常的生理功能具有重要作用。本研究结果显示,该剂中药治疗可以调节大鼠肠道菌群结构,使得由于高脂饮食造成的菌群失调得到定程度的缓解。为了研究大鼠菌群结构和健康状态之间的关系,我们对菌群数据和各生理生化指标进行偏最小二乘法回归分析。结果发现菌群结构的数据可以较为准确地预测大鼠体内脂联素的含量( R=0.77, P<0.0001),暗示了中药治疗引起的肠道菌群结构改变和代表大鼠体内炎性程度的脂联素含量变化有着紧密关系,这些可能和该剂中药治疗NAFLD的机制有关。本方法也为后续研究中药和肠道菌群的互作提供了基础。