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大青鲨(Prionace glauca)是金枪鱼延绳钓的主要兼捕对象，是目前世界上被捕杀最多的鲨鱼品种之一，并在海洋生态系统中处于重要地位，开展大青鲨种群遗传结构的研究有助于人们更好的理解大青鲨的资源状况，维持大青鲨资源的可持续发展。本文根据2010年9月-2012年2月我国远洋捕捞船外海作业期间在赤道附近海域采集的大青鲨样本，利用线粒体DNA的D-loop区（控制区）和COI基因的部分序列为分子标记来研究其种群遗传结构和遗传多样性，主要结果如下：（1）利用线粒体DNA的D-loop区（控制区）的694bp部分序列，分析了来自中东太平洋、中西太平洋、中东大西洋、西南大西洋和印度洋5个海域的165个个体的序列多样性与种群遗传结构。结果显示：测定165尾大青鲨mtDNA控制区片段长为694bp，共得到110个变异位点，定义了145个单倍型，碱基组成为A：33.46%，T：36.40%，C：18.61%，G：11.53%，G+C含量为30.14%。单倍型多样性指数（Hd）在各个采样点都较高，平均值为0.9973±0.0014，核苷酸多样性指数（π）为0.01510±0.00091，这表明大青鲨群体的遗传多样性很高，遗传资源丰富。分子方差分析揭示99.28%的遗传变异性出现在种群内，0.72%的遗传变异来自于种群间；采用邻接法构建的系统发育树表明5个群体间未形成显著的遗传结构，群体间的高基因交流值Nm和低分化指数Fst揭示三大洋群体间基因交流频繁，不存在显著的遗传分化，遗传多样性较高。（2）对全球8个采样位点的242尾大青鲨线粒体DNA的细胞色素氧化酶亚基I(COI)基因的721bp的部分序列进行检测，结果显示：721bp片段中发现了22个多态性变异位点，242个个体定义了21个单倍型。碱基组成为T：36.42%，C：20.72%，A:26.91%，G：15.95%。序列多样性分析结果显示，242个个体的平均单倍型多样性指数为0.644，核苷酸多样性指数为0.00123。分子方差分析揭示，96.07%的遗传变异性出现在种群内，3.93%的遗传变异来自于种群间；基于COI单倍型构建的系统进化树和单倍型网络揭示三大洋的8个群体间未形成显著的遗传结构，群体间的高基因交流值Nm和低分化指数Fst揭示三大洋群体间基因交流频繁，不存在显著的遗传分化；核苷酸错配分布呈明显的单峰分布，暗示大青鲨在近期经历了群体扩张事件，Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验表明扩张过程中群体显著偏离中性。（3）线粒体DNA控制区（D-loop区）的多态性分析结果与COI基因序列多态性分析结果存在一些差异。两者都认为三大洋的大青鲨为一个随机交配的群体，各个采样点间基因交流频繁并且遗传多样性水平都呈下降趋势。但与D-loop区片段相比，基于COI基因的分析结果更好地揭示了种群之间的差异，此研究结果可为大青鲨资源的管理和保护提供理论依据，具有一定的理论和现实意义，为大青鲨种群资源的合理开发和利用，以及建立相关的渔业保护区提供必要的参考资料。