本研究以60只新疆细毛羊（XJ）和48只陕北细毛羊（SB）为研究对象,选取角蛋白辅助蛋白（KAP）基因作为候选基因,利用PCR-SSCP分子标记对候选基因的五个位点进行了遗传多样性分析,并利用SPSS软件分析了KAP基因与经济性状（毛产量,毛细度和体重性状）的关系,得到结果如下:通过PCR-SSCP检测,新疆细毛羊和陕北细毛羊的5个位点平均杂合度分别为0.4450和0.3997,平均多态信息含量分别为0.3666和0.3189。测序结果表明,S₂位点新疆细毛羊的BB基因型出现了以下碱基替换:642bp（G-C）,676bp（T-A）,683bp（C-G）,761bp（C-G）,以下碱基为颠换:653bp（C-A）,654bp（A-C）,655bp（G-A）,661bp（C-A）,708bp（T-G）,746bp（T-G）,759bp（T-C）,794bp（T-C）,803bp（C-A）,830bp（C-T）;对其它基因型进行测序没有发现变异位点。在体重性状上,S₃位点的AB基因型值与AA基因型值差异显著（P<0.05）,AB基因型可作为首选标记基因型;S₅位点的AA基因型值与其它基因型值差异显著（P<0.05）,AA基因型可作为首选标记基因型;通过计算选择反应,S₂位点可以作为新疆细毛羊体重性状的首选标记位点,S₅位点可以作为陕北细毛羊首选标记位点。在产毛量性状上,S₄位点的AA基因型值与其它基因型值差异显著（P<0.05）,AA基因型可作为首选标记基因型;通过计算选择反应,S₅位点可以作为新疆细毛羊产毛性状的首选标记位点,S₁位点可以作为陕北细毛羊首选标记位点。在毛细度性状上,S₃位点的AB基因型值与其它基因型值差异显著（P<0.05）,AB基因型可作为首选标记基因型。S₅位点的AA基因型值与其它基因型值差异显著（P<0.05）,AA基因型可作为首选标记基因型;通过计算选择反应,S₅位点可以作为新疆细毛羊毛细度性状的首选标记位点,S3位点可以作为陕北细毛羊首选标记位点。