我国食用菌产业发展迅速，食用菌生产过程中产生的废弃物（菌渣）越来越多，处理不妥会造成很大程度上的资源浪费与环境污染。稻耳轮作体系作为一种新型生态农业模式，能够将废弃菌渣内部消化，通过合理还田处理以发挥其改土培肥的价值，维持和促进水稻增产、稳产。为了揭示菌渣还田对稻田生态系统的中长期效应，本课题以大田定位试验为主，室内培养试验为辅助，探讨菌渣还田对土壤性质的影响。大田试验设置9个不同菌渣与化肥配施比例处理（处理1：C0F0；处理2：C0F50；处理3：C0F100；处理4：C50F0；处理5：C50F50；处理6：C50F100；处理7：C100F0；处理8：C100F50；处理9：C100F100，其中C表化肥，F表菌渣）。通过水稻每季生理指标的测定，不同轮作期的水稻和土壤样品的分析，研究了菌渣还田对水稻产量、养分吸收，土壤肥力、微量元素有效性，以及稻田生态系统养分平衡的影响。培养试验设3个菌渣用量水平，2个尿素施用水平。菌棒用量：0、1%、2%，分别标记为F0、F10、F20；尿素用量：0、0.03%（大田试验化肥施用N当量），分别标记为C0、CN。阶段性取样，探究施用菌渣后土壤养分的释放特征和微量元素的形态变化。主要结果如下：(1)化肥-菌渣配施处理主要通过增加水稻单丛穗数、单穗籽粒数和穗长达到增产的效果，与对照相比，三者最高增幅分别为45.54%（C100F100）、41.76%（C100F50）、24.58%（C100F50）。C100F100时，稻谷产量达最高值8969kg hm-2，与对照（C0F0）相比，显著提升62.69%。菌渣对水稻的增产效应不及化肥，但能够缓解因化肥引起的经济系数下降的趋势。(2)经过2011年和2012年两个稻耳轮作周期，土壤pH值显著上升，增幅最高为1.36个pH单位（C50F100）；土壤有机质、碱解N、有效P和速效K含量显著降低，降幅最大分别为20.21%（C50F0），22.65%（C100F50），49.13%（C50F50），45.77%（C100F50）。黑木耳稻田栽培促使土壤有机质矿化，有利于土壤P、K有效性的提高，为其后的水稻补给速效养分。菌渣-化肥配施处理能优化肥料在土壤中的转化，长期单施化肥存在导致土壤K亏缺的风险，而化肥-菌渣配施在维持高产的同时又能避免K亏缺现象。(3)菌渣-化肥配施处理下，水稻地上部分对N、P、K三种营养元素总积累量的最高增幅分别为128.91%（C100F50）、61.90%（C100F50）和206.10%（C100F100）。随着试验期的延续，化肥和菌渣的作用逐年变得明显，特别是化肥在保障水稻产量上的作用更为突出，连续不施或显著少施（减半）化肥引起土壤养分严重亏缺、土壤肥力下降，即使长期化肥减半配合50%菌渣（10575kg hm-2）还田仍不能弥补由于水稻吸收所带走的养分。(4)施用化肥的前提下，随着菌渣增施，土壤有效Fe、Mn含量下降，菌渣对土壤有效Cu、Zn含量的影响不显著。单施化肥显著促进水稻对Fe、Mn、Cu、Zn的吸收，化肥施用基础上配施菌渣不利于水稻地上部分对微量元素的积累。(5)培养试验中，菌渣和尿素对土壤水溶性有机碳（WSOC）含量存在显著的正交互作用，CNF20时达最高值。各处理土壤溶液中NH4+-N含量在第15天都达最高值，且与菌渣或尿素的使用量具有显著正相关性。淹水状态下，高量菌渣对土壤中Fe都会产生钝化作用，Mn则因菌渣的施用活性增强。菌渣对土壤Cu具有钝化作用，对土壤Zn形态的作用不明显。综上所述，稻耳轮作过程中通过加大黑木耳经营期的土地管理，协调水稻耕期肥料的有机-无机比例可以促进土壤的可持续生产；菌渣-化肥配施还田有助于缓解由于长期施用化肥造成的土壤退化问题，也是解决食用菌生产过程中废弃物资源化利用的有效途径。