恐怖主义是当今国际社会的毒瘤，对整个世界和平与安全造成重大损害与潜在威胁。以美国为首的国家加强反恐行动，出台一系列的反恐措施，并在区域和全球范围内达成一系列外交上的反恐协作决议。隐私权是保护公民的个人生活秘密和生活自由禁止他人非法干涉的一种权利。20世纪60年代随着民权运动的兴起，通信技术的发展，隐私保护正变得越来越重要。由于恐怖主义的国际性和危害性，反恐措施往往采取监听、搜查、扣押等方式，这在另一方面，就侵害了公民的隐私权。由于支撑反恐行动与隐私权保护的价值利益各有不同和侧重，于是反恐措施与隐私权保护之间必然存在某种冲突与矛盾。反恐措施与隐私权保护冲突在价值层面的就是国家公共利益与对个人私生活秘密的尊重的冲突。如何在现有法制框架下协调这一冲突，是每个国家都不可避免的问题。中国面临东突等恐怖组织威胁，但中国仍处于反恐的初级阶段，各项反恐措施还不成熟。本文研究的是如何在反恐背景下对公民的隐私权进行保护。并探讨在国际反恐大形势下，如何为了社会公共利益,对隐私权保护进行适度的限制与克减。同时结合中国实际情况，对中国的反恐措施给与完善建议。