一直以来,农村信用社是我国金融系统的重要组成部分,是农村金融最主要的服务主体,支持“三农”发展发挥着不可低估的作用,但是产权不明晰、内部管理混乱等问题一直束缚着农村信用社的发展。农村商业银行作为农村信用社最主要的改革模式已走过十多个年头,大部分的农村商业银行构建起现代产权制度,内部管理能力也有提高。企业发展的原动力来自于企业内部的活力,公司治理的有效性可以释放内部能量,直接影响农村商业银行的经营业绩。因此,在改革的关键时期的农村商业银行必须全面系统地研究公司治理系统,以保证农村商业银行经营绩效的提高。然而,在各地实际的改革中,组建了县级、地市级、省级三种不同组织形式的农村商业银行,不同组织形式的农村商业银行其公司治理各有不同,对其经营绩效也产生了不同的影响,因此,本文根据法人层次,将三种组织形式的农村商业银行归纳分为县级农商行、县级以上农商行两类,比较分析两种类型的农村商业银行在公司治理和经营绩效上的差别。现代产权理论和委托代理理论是研究的理论基础,现代产权理论强调了明晰产权的重要性,产权制度安排是公司治理的基础,委托代理理论强调公司委托人和代理人之间均衡关系的构建,董事会与监事会还有高管层之间的均衡关系影响公司治理的有效性,不同组织形式的农商行的资本和资产规模差异也能导致公司治理与经营绩效的差异,为了对其关系的检验和分析,选取31家农村商业银行为分析对象,将公司治理分为股权结构、董事会治理、监事会治理、管理层持股、农村商业银行组织形式5个方面,分别从这5方面分析公司治理对经营绩效的影响.其次,利用财务分析指标体系和DEA模型对农村商业银行的经营绩效进行了测算,对比分析了县级农商行和县级以上农商行的经营绩效差异；最后进行Tobit回归,分析不同组织形式的农村商业银行公司治理特点和差异,以及对经营绩效产生的影响。模型回归得出：第一大和前十大股东持股比例、法人股比例、独立董事、高管持股以及资产规模对样本农商行经营绩效具有显著的影响,而且县级农商行的经营绩效高于县级以上农商行,这给我们的启示是组建何种形式的农村商业银行不能一刀切,各地应当根据当地实际情况组建不同模式的农村商业银行,县级农商行需要积极引入法人股和战略投资者,扩大规模,强化激励提高高管持股比例,县级以上农商行要注意股权过于集中的问题,引入多元投资主体,保持股权结构的均衡,注意保护中小股东的利益。