我国经济发展方式正从规模速度型粗放增长转向质量效率型集约增长。创新在经济发展中的作用日益突出。风险投资由于其在创业企业和技术创新方面的支持作用，被各国认为是一国创新经济发展的秘诀。但是，现有研究或集中于讨论风险投资对创新投入的作用，或讨论风险投资是否提高了创新产出水平，关于风险投资对创新效率的影响研究相对不足。本文从区域层面出发，利用更丰富的数据资料，深入研究风险投资对创新效率的影响。首先，在现有研究的基础上，从理论角度对风险投资对创新的作用机理进行分析；其次，描述我国创新效率及其分解效率发展的特征性事实；第三，采用我国24个省市的数据，对风险投资对创新效率的影响进行实证分析。得出以下结论：（1）2003-2012年，我国的创新效率表现为低效率，而且随着时间的发展，创新效率并无显著提高；我国创新效率的低效主要来自于技术效率的低水平；创新效率的区域差异显著：从分解效率来看，技术效率的区域差异显著，配置效率的区域差距较小；（2）风险投资机构数量正向影响创新效率的提高。具体地，风险投资机构数量的增加有利于技术效率的提高，但会损失配置效率；（3）风险资本投资于种子期、起步期，对于创新效率的提高表现为负向作用。从分解效率来看，风险资本投资于种子期、起步期项目的比例越大，越不利于技术效率的提高，而对于配置效率的影响并不显著；（4）风险机构持股比例越高，对于创新效率的提高越不利。具体地，风险机构持股比例越高，越不利于技术效率的提高，但是能够补偿一部分配置效率；（5）创新效率存在自我强化机制，即创新效率的前一期值显著正向影响当期效率值；金融机构、企业平均规模、人力资本三者显著正向影响创新效率的提高，而政府支持创新力度对创新效率的影响并不显著。本文的研究结论在理论方面为我国政府部门规划风险投资业的发展及制定提高创新能力的策略提供了科学的依据。基于以上主要的研究结论，本文提出了相应政策建议。