生物遗传统计及医学研究的重要课题之一是人类多基因疾病的研究,伴随着人类基因组计划的发展和完成,许多人类复杂性疾病得以发现,同时科学研究者们也找到了一些疾病的发病基因,为我们人类预防和诊断治疗多基因疾病提供了帮助和方向。全基因组关联研究分析是人类研究复杂性疾病最常使用的思路之一。本文采用病例—对照研究设计方式,在全基因组关联研究分析中,将两阶段分析的MAX检验联合分析策略与一阶段设计的MAX精确检验相结合,并将两阶段下的MAX精确检验方法Ma Xact算法与两阶段设计思路下的一种相似于Bootstrap参数重抽样的方法和正态逼近方法作比较分析,结果显示了两阶段设计下的MAX精确检验方法Ma Xact算法计算p值的速度比Bootstrap参数重抽样法快很多,而正态逼近方法和Ma Xact算法的计算速度相当,但是考虑到基因测序成本、基因测序工作量等等因素,Ma Xact算法或许可以实现其效果。紧接着,论文通过实例进一步验证所得结论,并简要分析实例结果。