目前我国正处于经济发展建设时期,为实现科学研究的突破性发展,争取在某些领域走在国际最前沿,提升我国在世界科学领域的核心竞争力和持续发展能力,政府投入了巨额资金建设大科学工程。所谓大科学工程项目,是指投资巨大、建设规模大、周期长、多学科交叉的大型科学研究项目。这些项目均具有极大的科学意义,其成果将具有重大的原创性,使我国在国际科学领域可占有一席之地。本文通过分析国家大科学工程项目的特点,以及大科学工程的费用和进度管理的现状,依据美国项目管理知识体系PMBOK,建立了一套适合复杂大科学工程的费用估算的模型,并基于VBA对MS Project开发了费用估算模块,使其具有适合大科学工程的费用估算功能;结合MS Project的费用管理功能,高效准确对大科学工程项目进行费用管理。本文阐述了项目进度几种评估工具的发展和应用,结合大科学工程的特点着重探讨了蒙特卡洛模拟法理论和方法,随后对比分析了CPM技术、PERT技术和蒙特卡洛模拟法在项目进度评估时的优劣,最后用Crystal Ball软件建立了蒙特卡洛仿真模型,并将此模型移植到MS Project中,对本文背景项目“神光-Ⅲ”的进度进行了预测和优化,确保项目能够如期完工。结合利用蒙特卡洛模型使项目进度评估这一复杂困难的定量分析工作变得简单方便,并且结果更加准确可靠。应用实例分析的结果表明:输出结果丰富,是评估、分析、优化项目进度的有效工具。