WTO框架下制定的《实施卫生与植物卫生措施协定》(《SPS协定》)是规制农产品国际贸易的重要文件,其核心任务是促进SPS措施的合理使用。而其中风险评估的开展是适用SPS措施的前提,因此也成为《SPS协定》的核心内容之一。在农产品的国际贸易板块中转基因食品贸易日益兴盛。转基因食品因技术的不确定性以及各方对政治、社会因素的考量,使其风险评估制度的适用过程出现诸多不确定性。一是表现在争端解决机构在《SPS协定》风险评估制度适用于相关案件时,对关键要素的观点分歧。二是《SPS协定》风险评估制度下,各国关于转基因风险评估制度上的差异。国际贸易使得转基因食品本身可能带有的风险在更广大的范围内传递。这一风险的全球性决定了风险制度建构应时刻从全球性着眼。因此,对于《SPS协定》风险评估制度中相关概念的厘清,对相关争议点的解读,以及制度优化路径的寻求显得很是必要。本文可能的创新之处在于在《SPS协定》风险评估制度的框架下,对转基因食品这一特殊领域进行系统化分析。在原有风险评估制度的的基础上寻求转基因食品板块适用的最优路径。