为进一步有效解决有案不立、有案难移、以罚代刑等环境保护行政执法与刑事司法衔接不畅的难题,于2017年出台的《环境保护行政执法与刑事司法衔接工作办法》,为此提供了法律依据。但是,在环境保护行政执法与刑事司法衔接机制运行过程中,案件移送机制不完善、行政证据与刑事证据转化缺少明确具体的法律依据、检察机关法律监督乏力以及环境资源司法审判操作不足等问题亟待解决。针对这些问题,通过调研获得的材料和查阅的相关参考文献,本文运用实证分析的方法,从立法、司法、执法三个方面提出了相应的对策和完善路径。在立法方面,通过刑事立法和行政立法,解决上位法与下位法之间冲突、散乱的问题,明确行政证据与刑事证据相互转化的具体要求与规则;落实一事不再罚原则,确立附条件并科原则,健全行政处罚与刑事处罚的衔接机制。在司法方面,完善检察机关提前介入制度,发挥检察机关在侦查方面的法律监督职能;切实落实“三审合一”制度,明确诉讼主体的主体资格和诉讼地位,统一立案标准;落实责任追究与惩戒制度,防范环境行政执法过程中存在的徇私舞弊的现象。在执法方面,建立综合议事制度,强化组织领导和部门间的综合协调;完善信息共享平台运行机制,确保各部门之间就环境违法犯罪行为互联互通;建立定期联合联席会议培训制度,增强部门之间的监督与协作能力,提高司法执法人员的专业素养。以此确保环境保护行政执法与刑事司法衔接机制顺畅运行。