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创新是经济增长在理想平台上运行的重要前提，也是现代企业竞争的焦点，然而，创新又是一个涉及企业、科研机构、政府、金融机构、中介服务机构等多方面的综合网络，所以必须通过有效的管理来整合企业的内部资源和外部资源，协调和发展企业创新过程。本文正是从这一角度出发，构建了企业创新系统，并利用面板数据(Panel Data)模型和数据包络分析(DEA)方法对企业创新系统的影响因素和创新绩效进行分析，提出完善企业创新系统的对策和建议。本文除引言和结论外，共分为四部分：
第一部分，创新系统理论综述。本文首先简单回顾了国内外企业创新理论。包括创新概念的提出，即熊彼特对创新概念的理解；企业创新的涵义及实现创新的战略方式；各创新系统的联系与区别。
第二部分，企业创新系统的支撑体系分析。本文借鉴了区域经济学对区域创新系统、产业创新系统的研究思想，构建了企业创新系统的支撑体系，提出这个支撑体系的主体要素是企业、研究机构、高等教育机构、政府机构、金融机构和中介服务机构等，它是各种机构和个人之间在长期正式或非正式的合作与交流的基础上所形成的相对稳定的系统，并对支撑体系的每一构成要素进行分析。
第三部分，以医药企业为例，分析企业创新系统的影响因素及效率评价。针对样本数据时间上的纵截面数据和地域上的横截面数据特点，采用计量经济学中的面板数据(Panel Data)分析方法，分析创新系统的各影响因素；并运用运筹学中的数据包络分析(DEA)方法对企业创新系统的创新绩效进行了分析。
第四部分，培育企业创新系统的基本思路与对策建议。在这部分中，本文从国家、区域层面上和企业层面上提出完善企业创新系统的对策和建议。