水稻抽穗期QTL定位及全基因组关联分析

来源 :华南农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wadfgh1234
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抽穗期决定了水稻品种的种植地区和季节适应性,该性状不仅影响生育期,而且与产量、品质和抗逆性关系密切,相关的研究对指导育种实践、品种改良及品种推广均具有重要意义。过去20年间,研究者们在水稻抽穗期分子调控机制上取得了很大进步,大量与抽穗期相关QTL得以定位,部分重要QTL也被克隆和验证。然而,目前定位到的抽穗期QTL大部分区间都较为粗放,难以开发紧密连锁的分子标记用于育种;此外,效应稳定、可重复检测的QTL位点的克隆或候选基因筛选仍缺乏报道,限制了对水稻抽穗期性状的机理解析。因此,利用高密度分子标记图谱,在不同遗传群体中挖掘具有应用价值的抽穗期QTL位点具有理论和实践意义。本研究以籼稻品种玉针香(YZX)和粳稻品种02428为亲本进行杂交,得到包含192个株系的重组自交系(RIL)作图群体。通过对两亲本重测序及RIL群体简化基因组测序,构建了包含2711个Bin标记的高分辨率遗传图谱。使用WinQTL Cartographer 2.5软件,在多环境下进行抽穗期QTL的检测及定位。进一步利用232个水稻自然群体,结合427个均匀分布于整个基因组的多态性KASP-SNP标记,对抽穗期相关位点进行了全基因组关联分析。本研究预期鉴定一些环境钝感型的抽穗期负调控QTL位点,作为缩短品种生育期的育种资源,并为水稻抽穗期调控基因克隆及分子标记辅助育种(MAS)提供更多依据。主要结果如下:1、以YZX和02428构建的RIL群体F8F11世代在四个环境中的抽穗期均呈连续变异,总体符合正态分布,适合于进行QTL定位。在4个环境中共定位到14个控制抽穗期的QTL,分布于第1、2、3、7、8、9和10染色体。其中,qHD2.2和qHD10.2在3个环境中能被重复检测到,表型贡献率分别为5.14%11.15%和5.35%16.97%,分别能缩短抽穗期1.66 d和1.56 d。2、经物理位置比对,发现14个QTL中有11个与前人定位在相同或邻近区域,其中已克隆的DTH8和Ehd1在本研究中被重复鉴定,qHD1.1、qHD2.2和qHD9.1尚未见报道。对qHD2.2置信区间进行详细分析,发现3个与水稻花的发育相关的注释基因LOCOs02g46450、LOCOs02g46710和LOCOs02g46940,三者在两亲本间均存在序列差异,可作为该QTL的候选基因进行后续研究。3、qHD2.2和qHD10.2在本研究中贡献率最高、受环境影响小,来自02428的等位基因都能缩短抽穗期。在RIL群体中最终筛选出同时具有这2个QTL有利于缩短抽穗期的等位基因组合RIL株系9个,其中编号为G55的材料为进一步精细定位和作为抽穗期育种材料的最佳株系。4、利用232份水稻材料在2个环境下重复进行全基因组关联分析,发现16个与抽穗期显著关联的标记位点,对表型的贡献率为3.64%14.05%。有2个位点能重复检测到显著关联,平均表型贡献率分别为10.64%和10.32%。大部分位点与前人研究相吻合,4个标记位点尚未见报道。将重复检测到关联的两个位点SK0716957375和SK1127982276有利于缩短抽穗期的等位基因进行组合,在232个材料中发现10个材料具有能缩短抽穗期的有利等位基因组合。综上所述,本研究获得了部分具有应用价值的抽穗期QTL位点和候选基因,为进一步解析水稻抽穗期性状遗传机理提供了有益参考;同时,本研究也鉴定出携带多个有利于缩短抽穗期的等位变异的种质资源,可在水稻育种中直接利用,具有较好的实践价值。
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