城市效率是一个综合性的概念,在产生合意产出的同时也会产生非合意产出,只考虑合意产出的城市效率没有考虑到城市带来的负效应。利用2004-2010年间262个地级及以上城市的投入产出数据,采用基于松弛变量度量的数据包络分析方法,分析我国的城市效率,发现我国的城市效率整体上趋于平稳,东部地区和大城市有着相对较高的效率,中西部地区以及中小城市有着相对较低的效率；在考虑了非合意产出之后各地区以及各层次城市的效率均有了不同程度的下降,这其中又以东部地区和大城市为最。我国城市效率差距存在扩大的趋势,城市效率差距不存在收敛的特征；东中部地区及大中型城市的效率差距或平稳或增大,不存在收敛的特征；西部地区城市效率在考虑了非合意产出之后由原来的收敛变为不收敛；小城市的效率差距在不断缩小,存在着收敛的特征。运用tobit模型对影响城市效率的因素进行分析发现空间集聚程度和城市规模对我国的城市效率有着正的显著的影响,这主要是体现在大城市和东部地区;对外开放程度对我国的城市效率有着正的显著的影响,但在考虑了非合意产出之后对城市效率的影响变得不再显著；固定资产投资占比对我国城市效率的影响均为负的显著性影响,固定资产投资的效率较低；政府支出占比对我国的城市效率影响不显著,但在考虑了非合意产出之后变为正的影响,东部地区和大城市的政府支出占比对城市效率的影响始终为正；区位条件对我国城市效率的影响为正,处于东部地区的城市有着相对较高的城市效率,但在考虑了非合意产出之后变为负的,区位条件对城市效率的影响变得不再显著。据以上实证结果,本文提出优先发展大城市和东部地区,同时也要减少这些地区的非合意产出;加快城市空间集聚、特别是东部地区和大城市空间集聚,稳步控制城市人口集聚;优化固定资产投资结构,提高固定资产投资效率。