【摘 要】
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[目的]在本研究中收集了昆明地区从2015到2020年RV发病的基本情况;探昆明地区基因型的分布和主要型别的分子流行病学;针对优势株G9P[8]基因型开展进化分析,合并抗原表位比较和选择压力分析来探讨病毒遗传特征的变化,从而为RV的防控提供一定的参考。[方法]收集昆明市儿童医院检验科病例系统2015-2020年检测RV的门诊和住院的患者的病例,对发病率,发病季节,性别,年龄和临床症状进行了统计。对
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[目的]在本研究中收集了昆明地区从2015到2020年RV发病的基本情况;探昆明地区基因型的分布和主要型别的分子流行病学;针对优势株G9P[8]基因型开展进化分析,合并抗原表位比较和选择压力分析来探讨病毒遗传特征的变化,从而为RV的防控提供一定的参考。[方法]收集昆明市儿童医院检验科病例系统2015-2020年检测RV的门诊和住院的患者的病例,对发病率,发病季节,性别,年龄和临床症状进行了统计。对2020年从门诊检验科收集的RV阳性样本进行VP4和VP7的分型以及全长扩增,使用BioEdit 7.09软件对测序结果进行拼接,用MEGA7.0软件构建主要基因型的NJ系统发育树。然后用贝叶斯法构建带地理信息标记的MCC树来探索G9P[8]基因型的起源和传播,贝叶斯天际线来推断种群历史动态。与已上市的3种疫苗株进行VP4和VP7蛋白上主要抗原表位的比较,合并选择压力的分析来探讨病毒免疫表位的变化。[结果]2015-2020年昆明市儿童医院进行RV检测的门诊和住院患者共计247967例,其中RV检测为阳性的患者有51483例,总阳性率为20.8%;主要发病时间为11月到次年2月;12-23月龄的患者阳性检出率最高,为31.9%;在本研究中RV感染最为常见的症状主要是腹泻。2020年扩增并且测序成功的VP4基因共有29例,VP7基因共有34例,有29例G/P基因型测序成功;合并项目组前期获得的2015-2019年数据,在2015-2020年VP4共有135例,VP7共有143例,G/P基因型共有118例测序成功,其中G9P[8]基因型为优势株（85.6%,101/118）,其次为G3P[8]基因型（10.2%,12/118）,G2P[4]基因型（3.4%,4/118）和 G2P[8]基因型（0.8%,1/118）。本研究的G9基因型主要与中国大陆株和东亚株同源性高;P[8]基因型主要与中国株,亚洲株和美洲株联系紧密;G2和P[4]基因型主要与国外株,尤其是亚洲株同源性高,其中RotaTeqTM疫苗对G2基因型覆盖率最高;G3基因型与国内外同源性高,可能由于东南亚地区形成的地区性优势株导致。G9基因型的平均碱基替代速率3.15 × 10-3/site/year（95%HPD:2.26 × 10-3/site/year-3.95 × 10-3/site/year）,在1919年从亚洲地区开始流行,谱系3的流行可以追溯到1962年,BSP的结果可以推测G9基因型在1944年种群开始持续增长至2007年达到顶峰,在2008年种群开始急速收缩。P[8]基因型显示其平均碱基替代速率 1.89 × 10-3/site/year（95%HPD:1.61 × 10-3/site/year-2.16 × 10-3/site/year）,在1869年P[8]基因型从亚洲和欧洲开始流行,BSP结果显示P[8]基因型从2000年开始种群急速扩张,在2008年达到顶峰后种群开始急速收缩。对2015年之后的G9P[8]基因型毒株的VP7和VP4基因进行选择压力分析,其结果表明VP7基因有VP7-44,VP7-100,VP7-221和VP 7-278位氨基酸为潜在的正选择压力位点,VP4基因有VP4-3,VP4-4位氨基酸为潜在的正选择压力位点。[结论]2015-2020年昆明地区RV的流行主要发生在秋冬季,12-23月龄的患者阳性检出率最高;优势株是G9P[8]基因型;对G9P[8]基因型的流行株进行选择压力分析,发现有6个潜在的正选择压力位点,其中VP7-100和VP7-221位于疫苗株的抗原表位上。
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