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本研究以大口鲇、鲇为亲本进行杂交试验并获得正交F1,并从蛋白质（含同工酶）和DNA水平对两种鲇及其杂种F1进行了比较研究,探讨三者间的遗传关系及杂种优势等问题,寻找能区分三种鲇的遗传标记。主要研究结果如下: 1.与对照组相比,杂交组受精率稍低,而孵化率、出苗率没明显差异,表明大口鲇（♀）×鲇鱼（♂）的杂交组合不存在繁殖障碍或繁殖障碍较小;杂种F1生长（体重、体长）与母本大口鲇相近,t检验差异不显著（P>0.05）,而与父本鲇差异显著（P<0.05）,显示出一定的杂种优势。 2.在蛋白质（同工酶）水平,杂种F1的蛋白质表型是双亲所有区带的总和,无多态性;杂种F1的同工酶表型复杂:或者继承亲本酶谱的部分酶带、丢失亲本的部分酶带,或者出现双亲皆无的酶带;同工酶具有组织特异性、物种特异性;EST和ADH同工酶存在明显的多态性,尤以EST明显。在肾脏和脾脏的基因座位EST-4和肝脏ADH的基因座位A2与B2117可作为区分大口鲇和其它两种鲇的生化遗传标记。 3.在DNA水平,筛选的22个随机引物共产生217条带,单一引物扩增出1-12条DNA带,大小在200—3500bp间。大口鲇、鲇及其杂种F1群体内的遗传相似性指数分别是0.986、0.878、0.961,可见杂种F1群体内遗传相似性指数介于亲本群体的遗传相似性指数之间。杂种F1与大口鲇、鲇的遗传相似性指数为0.731、0.615,表明亲本与子代间的遗传属于非对等遗传;亲本间的相似性指数为0.423,说明两者基因组成有较大的相似性,从分子水平证实了该杂交具有较大的亲合性。3个群体内都存在一定的多态性,多态比例分别为6.36%、41.13%、15.13%。同时杂种F1中还扩增出非亲本带。引物OPH-04、OPH-06、OPH-12、OPH-15、OPH-16、OPH-17、OPH-18、OPI-04、OPI-07、OPI-08、OPI-13、OPI-14和OPI-20可以建立有效的区分三种鲇的遗传标记。