从各个国家发展历程看,经济发展规模速度与创新程度紧密相连,创新在国家发展及社会进步变动中的角色愈加重要,尤其是科技创新,国家只有以科技创新驱动发展才能在世界立足。高校是科技创新的主体,决定着我国人民整体文化素质和内涵,其发展质量对国家在经济和社会政治等方面具有显著影响。“双一流”高校在高校科技创新主体中处于中心地位,为中国开展科技创新战略提供强大支持,是国家进行创新的中流砥柱。但在高校内涵式发展背景下,高校科技创新发展状态不均衡,因此对“双一流”高校科技创新效率进行研究具有一定必要性。文章为对我国“双一流”高校科技创新效率进行评价和影响因素分析,选取中国41所“双一流”高校为研究对象,首先从投入和产出维度分别进行现状和趋势变动分析。其次采用因子分析法分别对投入和产出指标进行线性化处理,利用提取出的公因子得分基于DEA-Malmquist指数模型进行效率测算,分析效率变化动态成因,进而采用非参数检验法对高校科技创新效率进行分层和分区域检验,进一步分析效率变化因素。最后运用DEA-Tobit模型对高校科技创新效率进行影响因素分析,得出结论并提出相应建议。文章结论有:（1）高校科技创新效率受区域影响,产出与投入不一定成正比;“双一流”高校科技创新效率呈下降状态,未形成稳定增长,且近年来高校在科研技术创新和新思想的采纳方面所达水平不理想;（2）各高校在人才机制创新和管理办法变革上差异明显,规模投入上也有一定差异,但不明显;（3）三个层次“双一流”高校除技术进步效率外都有显著性差异,除规模效率外其它效率均有显著递减趋势;（4）东中西高校除技术进步效率外其它效率均有显著区域性和趋势性差异,呈西东中下降态势,西部高校全要素生产率提高是由于纯技术效率和规模效率的提高,东中两区域下降是由纯技术效率降幅太大造成的;（5）高校人力资源结构配置对科技创新效率有促进作用;政府适度支持对科技创新活动有正向影响,但目前并未发挥理想作用;成果认可对高校科技创新效率有显著正影响;经济环境一定程度上对高校科技创新效率有正向促进作用,但由于资源配置不合理,难以发挥作用。文章提出以下建议:（1）改善科技经费分配结构,合理配置人才资源。（2）创新科研人才评价机制、改革管理办法,积极进行技术和思想的更新。（3）加强高校区域合作,利用优势,改善不足。（4）政府加强监督,确保经费和政策落实,注重产学研合作,提高科技创新成果转化率。