丛枝菌根真菌(AM真菌)可以与包括玉米等农作物在内超过90%的陆生维管植物形成互利共生关系。共生的真菌可以帮助植物从根周围土壤吸收水分和微量元素等,还可以帮助植物提高其生物和非生物胁迫的抗逆性,在逆境条件下改善植物自身的营养状况。长链非编码RNA(long noncoding RNAs,Lnc RNAs)是大于200个核苷酸且不翻译蛋白质的RNA,它在生物体内存在的数量十分庞大,几乎参与所有的生物学活动,它们主要是通过表观遗传水平调控、转录水平调控、转录后水平调控等方式发挥功能作用。然而,目前还没有关于植物Lnc RNAs对AM真菌互作调控的研究报道。本研究通过对AM真菌定植的玉米根进行链特异性RNA-Seq分析,鉴定影响AM真菌的玉米Lnc RNAs,并构建相关的调控网络,主要结果如下:(1)通过对玉米根进行Glomus intraradices菌体接种后,进行转录组分析,共鉴定到1837个差异表达蛋白编码基因(DEGs),其中上调基因1019个,下调基因818个。包括许多已知的AM真菌特异性诱导表达基因,如Mt Pt4、STR、STR2、Mt Fat M同源基因。(2)AM真菌诱导的差异表达玉米基因主要与脂肪酸生物合成、对磷酸盐饥饿的响应、氮代谢等途径有关。(3)总共鉴定出5941个Lnc RNAs,其中3000多个是新发现的。鉴定获得63个Lnc RNAs差异表达,有36个Lnc RNAs表达上调,27个表达下调表达。(4)差异表达的Lnc RNAs可能的靶基因主要与磷酸离子跨膜转运、细胞对钾离子饥饿的反应/脂质分解代谢等途径有关。(5)调控网络分析表明,DELs可能通过作为micro RNA靶点的竞争物与调控植物与AM真菌之间的双向养分交换。(6)构建了通过TRV介导的基因沉默载体,用于对候选玉米Lnc RNA的功能验证。