高等院校国库集中支付制度的实施,在财政国库集中支付制度的改革中扮演重要的角色,有力解决当前高等院校国库资金收支管理的问题。在改革的进程中,由于高等院校的制度本身具有特殊性,导致财务运作出现了一些问题,在一定程度上影响了高等院校的财务运作及国库集中支付的改革。因此,在这种情形下,深入研究高等院校在执行国库集中支付过程中存在的问题,根据高等院校实行国库集中支付改革的成功经验探究相关的建议对策,以此来确保高等院校财务运作的正常运行,具有十分重要的现实意义。本文以某省市属地方高等院校执行国库集中支付制度为研究对象,应用文献研究法、数据分析法、案例分析法和总结归纳法四种研究方法。首先,查询高校财务运作和国库集中支付的相关文献、著作及期刊,整理并总结相关文献资料作为支撑本文的理论基础;其次,以H高校为研究对象,对财务运作的流程进行梳理,以财务数据为依据,包括筹资能力、预算执行能力,系统性分析在国库集中支付下H高校财务运作数据发生的变化,发现H高校在实施国库集中支付的过程中存在以下几个问题:预算资金下达滞后影响项目执行进度,高校资金缺乏自主支配权,国库系统与财务系统存在冲突,零余额账户电子对账存在局限性,国库系统功能不全增加重复工作的负担;为保证H高校财务运作更好的适应国库集中支付制度,提出应进一步拓宽H高校筹资渠道,完善国库系统与财务系统的有效对接,优化国库对账功能模块,完善国库集中支付系统,提高H高校财务人员的综合素质等对策建议,从而保证在国库集中支付下H高校财务运作的顺利运行提供参考借鉴。