随着证券市场的持续发展,监管部门、投资者等相关人员更加关注注册会计师的审计意见。自颁布《中国注册会计师独立审计准则》以来,风险导向模式审计逐渐在我国成形并得到发展,注册会计师基于审计风险出具恰当的审计意见。在当前充满诚信危机的审计市场里,注册会计师审计是否保持了其应有的独立性?究竟有哪些因素影响其出具的审计意见类型?笔者对此产生了浓厚的兴趣。基于已往的研究,本研究采取规范研究与实证研究相结合的方法。首先,从审计主体与审计客体两个角度对国内外相关文献进行了回顾,对前人的研究做了自己的分析与总结。其次,在委托代理理论、博弈论、公司治理及盈余管理与审计意见相关性理论分析的基础上,结合我国特殊的背景,提出本文的研究假设,设置影响因素变量,构建回归模型。然后,以2009年至2012年我国A股制造业上市公司作为研究样本,采用描述性分析、相关性分析、独立样本T检验以及二元logistic回归分析对影响我国上市公司审计意见类型的因素进行实证检验和分析。实证检验结果表明：会计师事务所对上市公司的经济依赖性、审计任期的延长、大型事务所降低了非标准审计意见的概率,表明事务所本身的因素对审计意见的影响很明显,改善审计质量也需要从自身的角度努力。除了第一大股东的性质和审计委员会的设置外,公司治理结构的变量总体与审计意见类型的影响并不显著,但不显著并不表示没有影响,完善上市公司内部治理结构是改善财务报表质量的关键。由于风险导向审计模式的深入,注册会计师在审计中很关注上市公司的经营风险,在实证检验结果中,本文反映上市公司经营风险的财务指标除了净资产收益率以外,其他六个指标均与审计意见类型显著相关,这表明注册会计师能够辨别盈余管理行为,并予以区别对待,即针对保牌动机盈余管理更为苛刻,往往出具非标准审计意见,而不太关注保配动机盈余管理。最后,基于实证检验的结果,分析了我国上市公司审计中存在的问题,并提出了相应的对策建议。本文的主要贡献体现在：1、针对样本的选取,本文选取了更具稳定性和代表性的沪深两市A股制造业2009-2012年年报的数据,得到更为准确的验证结果。2、区分了影响上市公司审计意见的角度,从审计主体和审计客体两方面展开,采用logistical二元回归分析方法进行验证,证实二者能够影响注册会计师的审计意见。3、本文通过分析影响制造业上市公司审计意见类型的因素,发掘我国上市公司审计中存在的问题,并尝试对这些问题提出了自己的建议。