目的:近年来乳腺癌的发病率逐年递增,已经位居女性癌症中发病率和死亡率的首位。其中多原发乳腺癌(Multiple Primary Breast Cancer)也呈现逐渐上升的趋势,严重危害女性的身体及心理的健康。在临床治疗上,对于多原发乳腺癌并没有特定的治疗方案,大多按照原发癌处理完全切除,这不仅增加了患者身体的负担也可能造成过度治疗。二代测序在肿瘤基因组的研究中应用广泛,但是在建库和测序过程中可能引入人为的突变,造成测序结果不准确并且噪音偏多,从而导致得到的突变数据存在一定的假阳性率,本课题希望利用一种高精度的二代测序技术对多原发乳腺癌的基因变异进行研究。方法:本课题运用高精度的分子条形码二代测序技术,对3例多原发乳腺癌患者的石蜡包埋组织切片以及白细胞共9个样本进行靶向测序。目的区域覆盖了72个肿瘤的热点突变基因,其中包括了乳腺癌原位癌突变高发的基因。实验通过连接分子条形码来标记原始的DNA分子;分析时通过分子条形码将数据进行分组,计算评估各位置的碱基从而构建新的单链一致性序列,最后进行变异的检测,筛选出高可信度的变异。分析不同癌灶中突变的类型及频率,结合临床信息探究多原发乳腺癌中各癌灶之间的同质性和异质性,从基因组学层面上找出具有临床意义的变异。结果:(1)成功构建单端分子条形码文库;(2)测序数据质量较好,提取分子条形码序列后所绘制family size的图峰值均在10-20之间,可满足构建单链一致性序列的条件;(3)软件检测突变后,筛选对照样本白细胞中突变的分子条形码所占的比例为0-5%,45-55%,95-100%的变异作为对照,匹配组织切片样本中的变异。得出的变异大部分为错义突变和同义突变。比较同一个患者不同癌灶突变的分子条形码的比例,发现同一患者各癌灶间共有的突变VMF值差异均不显著,各自独有的突变差异显著;(4)统计各样本对癌症影响为“High”的变异个数,发现MET在四个样本中都发生变异,变异类型为碱基的缺失或者重复。结论:本课题发现同一个患者的不同癌灶是具有同质性和异质性的,在同个患者的不同癌灶之间共有基因变异的频率没有差异,而各自独有的变异频率有显著差异(P<0.01);拷贝数变异与基因突变的发生可能有相斥的趋势,有些基因例如MET和APC在样本发生拷贝数变异的个数和突变的个数相反;发生变异的基因用GSEA进行通路富集分析,基因大多富集在癌症,细胞的凋亡,磷酸代谢的调控和黏着连接等通路。