“河流健康”是河流生态环境保护的终极目标。上游河段是河流生态系统的源头部分，它的保护和恢复对干流健康非常重要。本研究选择位于浙江省丘陵山区的苕溪上游临安段进行河流生态系统健康研究，这无论是对其所在的浙江省临安市环境保护和生态市建设，还是用于整个苕溪的河流生态系统健康评估，都具有十分重要的意义。　　 本文通过资料收集、实地勘察、采样鉴定和分析监测，从水质、生物组成和沉积物微生物等方面进行研究，借鉴国际上较成熟的河流生态系统健康评价方法，对该河段的河流生态系统健康状况进行了评价。苕溪临安段属山溪性河流。苕溪临安段所处的流域属于亚热带季风气候区，气候温和，雨量丰沛，雨热同期。苕溪临安段水质较好。锦溪是苕溪临安段流域的主要污染河流，污染类型为氮污染。苕溪临安段生物多样性较高，共发现底栖动物达188种，隶属于4门60科135属，毛翅目和双翅目昆虫为主要底栖动物种类；着生藻类共获得5门58属160种，硅藻是优势种属。各个采样点的底栖动物种类数与水质呈现一定的正相关关系，底栖动物个体密度与水质呈现一定的负相关关系。各个采样点的着生藻类种类数与水质未发现明显的相关关系，着生藻类个体密度与水质呈现一定的负相关关系。各采样点根际沉积物的氨氧化古菌表现出了明显的丰度分布差异，而氨氧化细菌则变化不大。5个采样点的氨氧化古菌amoA基因序列划分出了26个OTU，分布在土、水两相分支之中，以土壤/沉积物相为主。春季的氨氧化古菌丰度明显高于夏季，水生植物根际沉积物的氨氧化微生物丰度高于非根际的沙粒沉积物。综合考虑河流水文、形态、河岸带状况、水质及水生生物等表征元素，建立了适合苕溪上游段的河流生态系统健康评价标准，将河流划分为非常健康、一般健康、普通、一般病态和严重病态等五个健康等级。河流健康评价结果显示，2010年4月23日9个采样点的河流健康状况范围在一般健康与一般病态之间，不存在特别健康和严重病态的河段。河流生态系统健康的评估以本河段的历史状态作为参照，可以比较容易地反映出河流管理和保护工作的问题和成效，也可以克服不同河流之间的可比性问题。河流环境的破坏是一个长期的过程，河流生态系统健康的恢复也需要付出一个长期的努力。河流健康的恢复需要针对不同河流的特点而采取有针对性的采取措施。河流健康问题的解决不应局限于河流内部，还应该包括流域管理和污染控制，从源头解决影响河流生态系统健康的问题。