近年来,随着工业化的快速推进,我国粗放型经济增长方式造成的资源浪费、生态环境破坏和生态功能退化的警示“红灯”频频闪现,以牺牲生态环境质量、无节制的消耗自然资源为代价换取的经济发展,不仅带来了严重的环境问题,也引发了一系列的社会矛盾。从制度上剖析,生态红线机制、生态损害赔偿制度、生态补偿制度的缺失或不完善是生态环境问题的制度根源之一。2014年4月24日,新修订的《环境保护法》第一次将生态保护红线纳入法律条文中。生态保护红线,即在保护生态服务功能、资源利用持续开发利用等方面,强调严格保护的界限与管控范围,用以维护国家和区域资源安全及社会发展可持续,保障全体人民健康,其实质是维护生态资源安全的底限。本文探讨了生态红线的价值目标,以祁连山自然保护区当前生态保护现状及管理现状为切入点,总结和研究我国生态功能区、自然保护区面临的突出问题,提出构建完整的生态功能红线机制,如生态保护红线的划定与修改制度;生态资源监测与监察制度;生态保护红线的考核及追责制度;生态保护红线的公众参与制度等。同时对相关的配套制度如生态保护红线区域设定制度、生态保护区域补偿制度、生态保护区域恢复制度以及相关的责任制度等进行了分析探讨。