金花茶是广西重要的山茶科植物资源之一,以其特有的黄色花色及其稀有性而闻名。由于近些年的大规模人为影响和破坏,金花茶原生种群大量减少,给植物资源的保护工作带来了巨大压力。本研究采用石蜡制片和SCoT分子标记等方法,分别收集了6种金花茶,即薄叶金花茶(Camellia chrysanthoides)、凹脉金花茶(C.impressinervis)、柠檬黄金花茶(C.limonia)、弄岗金花茶(C.longgangensis)、毛籽金花茶(C.ptilosperma)、四季金花茶(C.perpetua)的原生种(来自弄岗自然保护区)和栽培种(来自南宁市金花茶公园),对其叶片表型及分子的遗传多样性进行分析,比较种间及生境差异对其遗传多样性的影响,以便给金花茶资源的引种栽培和保护策略提供可靠的理论依据,研究结果如下:1.不同生境下的金花茶在叶片外部形态上会有较大的差异,但在解剖形态中差异相对较少。叶片的表型性状离散程度较大,变异比较显著,遗传多样性丰富,种群间的变异是种群多样性的主要来源,栽培种的变异程度更高。仅从金花茶种间变异来看,6种金花茶叶片表型多样性丰富程度为:凹脉金花茶>柠檬黄金花茶>薄叶金花茶>四季金花茶>毛籽金花茶>弄岗金花茶。地理、气候因素对表型变异有一定程度的影响。2.主成分分析中主要反映金花茶的表型性状的差异表现在叶宽、叶片解剖厚度、韧皮部厚度及栅海比。3.基于叶片表型性状的聚类,12份金花茶种质被聚为两个类群,第一个类群包括薄叶、凹脉、毛籽、弄岗;第二类群包括柠檬黄和四季。而栽培种聚类与原生种聚类有差异。基于SCoT分子标记的聚类,12份金花茶种质被聚为两个类群,第一类群包括凹脉,第二类群包括其他5种金花茶。金花茶的表型聚类结果与分子标记聚类结果有差异,由于植物外形及结构特征受环境的影响易变异,故金花茶分子标记聚类结果更可靠,表型性状聚类结果可用于辅助识别。金花茶的表型和SCoT聚类与地理距离没有相关性。4.6种金花茶在分子水平上具有较高的遗传多样性,遗传多样性丰富度较高,但种间的遗传多样性丰富程度的差异不大。种群间基因交流有限,遗传分化较高,遗传变异主要存在于种群间。因此,对于原生种要尽可能多的保护其种群数量,保护其生长地环境,栽培种可通过扦插、组培等方式扩大植株数量。