越来越多的证据表明疾病彼此之间并非孤立，而是疾病类间存在着某些公共和特异的致病通路。基于系统生物学网络方法能够深入理解疾病与疾病、疾病与代谢通路之间的关系，为研究者提供新的角度，深入认识研究疾病的病理机制，指导通路相关药物研发。 本文通过生物信息学方法，用人类癌症表型信息和代谢子通路信息构建了人类癌症—子通路关联网络，系统的研究了癌症和子通络关联网络性质。本文系统搜集了主要疾病数据库中的癌症基因数据，通过基于k—clique算法开发的子通路注释与识别(SubpathwayMiner)系统，将已知癌症基因用富集分析方法注释到代谢子通路上，最后用搜集的23种癌症和显著富集的65种代谢子通路构建了癌症—子通路关联网络。如果疾病基因显著性富集到某一个代谢子通路上，那么这个疾病与子通路相互连接。通过研究癌症—子通路关联网络特征和疾病公共通路间关系，挖掘关联网路模块，系统阐明疾病形成和发育分化过程中的复杂性和规律性，深入探索了疾病间公共的致病遗传机制。本文的研究结果使人们更深入认识了疾病与潜在代谢致病通路的关系，能够指导研究者基于代谢通路开发新的代谢相关药物。