深化行政事单位自身管理的改革与建设,提升公共管理效率与公共服务质量,是我国一直以来推进的重要工作,2012年起我国就将行政事业单位内部控制建设提上重要议程并不断深化。高校作为典型的事业单位承担着人才培养和学科建设等社会公共事务的职责,其业务活动内容基本上都属于公共事业范畴,因此其业务活动内容决定了其工作质量、效率和效果牵系着国家、人民和个人的切身利益,而逐年增长的高校财政专项资金也使得各级财政越来越关注财政专项资金的有效配置和使用。财政专项资金是用于高校特定用途、执行项目管理的资金,与高校科研项目进度直接相关,是加快高校项目建设,促进高校长久、健康、稳定发展的重要保障。随着国家对于高等教育的重视,财政对于财政专项资金的投入力度和种类都在不断增加,并且由于财政专项资金具有专项专用的特点,对于高校财政专项资金的规范化管理提出了更高的要求,成为了高校工作的重点。如何使专项资金在在项目中得到正确、有效的使用,运用好这些专项资金来推动高等院校长久、健康、稳定发展,实现预算绩效目标,是高校所共同面对的问题。而建设科学完整的内部控制体系,规范化管理高校财政资金则是确保高校规范、有效使用财政专项资金的关键。本文首先以财政专项资金管理的概念及相关理论为入手点,认真研读国内外现有的有关财政专项资金管理内部控制的文献,借鉴其中宝贵经验,以我国财政专项资金管理内部控制的发展过程为背景,运用问卷调查、实地调研等方式,研究H高校财政专项资金管理内部控制现状,其存在的必要性的和尚需改进之处,对H高校的财政专项资金管理内部控制的建立和完善提出可供参考、合理科学、符合社会发展的对策及建议,以促进H高校内部控制体系的建立健全以及管理工作的进一步完善,帮助其有效地发挥出控制作用,并希望所得结论对同类高等院校产生积极影响,提升高等院校内部的财政专项资金管理水平。