边境贸易是一种特殊的国际贸易，传统的经济地理学和贸易理论认为，由于边界的存在，消费者或生产者远离市场导致的运输成本增加将使消费商品的价格提升，进而限制市场范围和消费者数量，使边境地区成为经济增长的荒漠地带，即“中心——外围”结构中的外围地区。而新经济地理学认为,边境贸易运输成本的下降会吸引生产者和消费者在边境地区集中,使商品与要素自由流动性增强,进而形成集聚效益,促进市场一体化进程的发展。同时,在规模报酬递增的作用下,边境地区因集聚获得的某种优势将得到强化,地区之间的分工模式得以形成。边境地区这种循环累积结果又进一步吸引生产者与消费者向边境地区集中，逐渐形成若干边境经济“增长极”，并辐射一定范围的腹地，从而带动整个边疆地区的经贸发展。目前，国内对边境贸易中边界效应问题、区域物流一体化中交通运输一体化问题、跨边界次区域经济合作等问题的研究已经比较广泛和深入。然而这三个方面在理论和实践中都不是孤立的，边境贸易中边界从“屏蔽效应”向“中介效应”的转化中最主要的问题是降低跨境运输成本，而区域物流运输一体化可以解决降低区域内运输成本，跨边界次区域经济合作可以解决跨境的问题。鉴于此，本文将尝试以三问题的契合点——降低边境贸易跨境运输成本，以促进边境贸易作为研究的出发点，跨边界次区域为研究空间，物流运输一体化为研究框架，形成“多中心”结构缩小与沿海的经济发展差距为研究目的，以国际区域经济一体化为背景，以新经济地理——空间经济学为理论基础，通过分析我国沿边省区边境贸易中物流成本结构，并对比分析一体化前后的物流总成本，提出跨边界次区域物流运输一体化的构建思路：首先，确定物流运输枢纽城市；其次，规划建设区域边境口岸体系；第三，规划建设区域边贸运输通道。并以中国东北——俄罗斯、新疆——哈萨克斯坦、云南——缅甸、广西——越南等跨边界次区域物流运输一体化构建为例进行实践探索。最终形成“核心枢纽——枢纽——边境口岸”共同构成的物流运输网络，降低边境贸易中的物流运输成本及总成本，促进中国传统边境贸易向现代商贸、现代物流的发展升级，并带动和辐射边疆各省区经济全面、快速发展，尽快缩小与沿海地区的差距，且有利于中国的国家安全、边疆稳定、民族团结。