随着经济的不断发展,工业化、城镇化水平迅速推进,耕地资源总量逐渐减少,粮食安全问题日渐突出,粮食生产功能区的建设愈发关键。因此,本研究以陕西省粮食生产功能区为研究领域,以不同经营主体的耕地生产效率为研究对象,将小农户与新型农业经营主体相结合,运用共同前沿模型(MFA),对陕西省小麦生产功能区、玉米生产功能区、水稻生产功能区、马铃薯生产功能区内调研获取到的1021个龙头企业、专业大户、专业合作社、家庭农场以及小农户的数据,测算了其群组技术效率(GTE)、共同技术效率(MTE)和共同技术比率(TGR),并利用Tobit回归模型分析了不同经营主体耕地生产效率的影响因素。研究结果表明:第一,从小麦、玉米、水稻、马铃薯生产功能区不同农业经营主体的耕地生产效率结果来看,小麦的群组技术效率以及共同技术效率值相对较高,水稻的不同农业经营主体的耕地生产效率值相对较低;从不同经营主体的耕地生产效率来看,龙头企业的耕地生产效率相对较高,传统农户的耕地生产效率相对较低。第二,陕西省粮食生产功能区不同地区的新型农业经营主体带动小农户增收模式存在差异。第三,不同经营主体耕地生产效率受多种因素的影响。其中,不同经营主体是否为建卡立档贫困户对耕地生产效率具有显著的负向影响;不同经营主体的受教育程度、健康状况、互联网使用频率、对粮食直接补贴政策的了解及满意度对耕地生产效率具有显著的正向影响。在此基础上,本研究结合实地调研情况,提出了相关的政策建议。