在国家经济安全越来越受到各主权国家广泛重视的今天,如何维护国家经济安全,进而保障国家利益,也已经引起我国政府高度重视。2008年以来,为抵御国际经济环境对我国的不利影响,国务院研究部署了扩大内需、促进经济增长的十项措施,启动了一批国家重大投资项目。这些项目一旦投入运行将形成巨大的生产力,并影响与该生产力相关的诸多产业和部门,从而对国家经济安全的各个构成领域产生重要影响。因此,对国家重大投资项目的运行情况进行必要的监控以掌握其对国家经济安全各个领域所产生的影响,不仅是发挥审计“免疫系统”功能的迫切需要,也是事关我国经济社会的可持续发展的重大社会课题。本文首先从国家经济安全的涵义及构成领域和国家重大投资项目的本质特征着手,结合外部效应理论,分析了国家重大投资项目对国家经济安全各构成领域例如财政与金融安全、战略资源安全和社会安全产生的影响；认为政府审计是国家经济安全保障体系的重要组成部分,在市场经济中,政府对于国家经济安全的监管负有不可推卸的责任,应充分发挥政府审计的“免疫系统”功能,从审计主体的确定、审计具体内容的界定和审计程序与方法的建立等几个方面着重构建了国家重大投资项目的经济安全审计模式。其次,建立适合国家重大投资项目的经济安全审计评价指标体系角度,从逻辑上进一步完善了国家重大投资项目的经济安全审计模式的构建。最后进行国家重大投资项目的经济安全审计的案例分析,以探讨本研究构建的审计模式及所设计的审计程序与方法的实用性和可推广性