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葱属(Allium L.)植物为多年生草本植物,隶属于百合科(Liliaceae),是单子叶植物纲百合科中最大的属之一,在内蒙古地区广泛分布,是草原、草甸、山地、林间和荒漠草原的主要组成部分,是优良的饲用植物,牲畜喜食,具有很高的饲用价值、牧草价值、药用价值,观赏价值等。目前葱属植物分子系统学的研究在国内外的研究较为广泛,但对内蒙古葱属植物的分子系统研究处于空白阶段。本研究对内蒙古17个样地采集的10种葱属植物的16个样品及J种外类群萱草属植物的ITS序列和rps16内含子基因进行PCR扩增,并对其进行GC含量的比较和同源性分析。在GenBank中搜索出其它葱属植物的基因序列,用MEGA5.1软件进行系统分析,采用了邻接法(Neighbor Joining)和最大似然法(Maximum Likelihood)分别构建了ITS序列和rps16内含子基因的系统发育树,并进行了亲缘关系的分析。16个样品的ITS序列的长度在647bp-702bp之间,GC含量43.12%-50.71%之间,rps16内含子基因的序列长度在771bp-884bp之间,GC含量在29.65%-34.02%之间。16个葱属样品的ITS序列的同源性在99%-76%之间,rps16内含子基因序列的同源性在100%-80%之间。同源性分析结果表明,不同样地采集的同种植物的ITS序列和rps16内含子基因序列的.同源性均最高,属内不同种间的ITS序列变化比rps16内含子基因序列变化大,即ITS序列的同源性比rps16内含子基因序列的同源性低,由于ITS序列为间隔序列,rps16内含子基因序列为基因内序列,基因内序列比间隔序列的保守性要高。16个样品的GC含量同样也表明了这一点。在葱属植物长期的进化过程中,属内不同种间ITS序列比rps16内含子基因序列变化大。内蒙古葱属植物供试样品及GenBank中搜索的葱属植物ITS序列和rps16内含子基因序列的系统树分析表明,葱属与外类群明显分开,支持葱属植物为单系起源这一观点。大部分不同环境下生长的同种植物聚在一起,其亲缘关系最近；但是,有少数不同环境下的同种植物未能聚一起,它们虽然形态相近,但在长期的进化过程中在分子水平上发生了一定变异；属内不同种间的聚合基本与《内蒙古植物志》中的传统形态分类相符。系统树中出现不同组的植物亲缘关系较近的现象可能是在其分子进化的过程中发生了变化,但没有伴随显著的形态分化。由于ITS序列是核基因间隔序列,rps16内含子基因是叶绿体基因在物种进化过程中保守程度、进化速度不同,导致二者构建出的系统发育树组内不同种问的系统位置有一定的区别。ITS序列和rps16内含子基因序列的分子系统分析能够为研究葱属植物的分类鉴定提供丰富的遗传信息,能够很好的体现葱属植物种间的分类及亲缘关系。