细菌性疾病是我国海水养殖鱼类的主要病害，细菌的抗生素耐药成为环境和食品安全的重要问题。本研究对1999年-2012年从山东、江苏、河北、天津等沿海地区养殖场发病鱼分离得到的菌株进行分类地位、抗生素抗性及抗性基因的分析，获得我国北方海水养殖鱼类的可疑细菌病原种类及耐药信息，为疾病控制、提高水产品安全性提供理论指导。1.分离菌株的分类地位。对124株菌进行了16S rRNA基因序列和系统发育学的分析。对菌株进行16S rRNA基因序列的扩增和测序，得到的序列与GenBank核酸序列数据库进行相似性比对分析，结果显示有83株为弧菌属（Vibrio spp.）细菌，11株为气单胞菌属（Aeromonas spp.）细菌，4株为爱德华氏菌属（Edwardsiella spp.）细菌，3株为假单胞菌（Pseudomonas spp.）属细菌，3株为假交替单胞菌属（Pseudoalteromonas spp.）细菌，20株为其他13种属的细菌。根据系统发育学分析结果，进一步将77株菌鉴定为18个种，优势种为溶藻弧菌（V. alginolyticus），哈氏弧菌（V. harveyi），鳗弧菌（V. anguillarum），杀鲑气单胞菌（A. salmonicida），迟缓爱德华氏菌（E. tarda）。2.分离菌株的耐药性。对230菌株进行了6种抗生素（氨苄青霉素、氯霉素、环丙沙星、呋喃唑酮、利福平和四环素）耐药性的检测。结果显示，氨苄青霉素抗性菌株149，占64.8%；氯霉素的耐药菌株数为29（12.3%）；环丙沙星的耐药菌株数为20(8.5%)；呋喃唑酮的耐药菌株数为110(47.8%)；利福平的耐药菌株数为8(3.4%)；四环素的耐药菌株数为24(10.2%)。对二种抗生素耐药的菌株为77(33.5%)，对三种抗生素耐药的菌株为21（9.1%），对四种抗生素耐药的菌株为10（4.3%）。3.耐药基因和整合子检测。运用多重PCR的方法分析氯霉素抗性菌株-cat基因和四环素抗性菌株-tet基因的分布特征。结果显示：29株氯霉素抗性菌株中含有catⅠ基因的为41.4%（12株），含有catⅡ基因的为38%（11株），含有catⅢ基因的为13.8%（4株），未检测到catⅣ基因，另外有2株未扩增出目的条带，没有菌株同时携带两个或两个以上的cat基因；24株四环素抗性菌株中主要存在的tet基因是tetB（75%），tetC（16.7%）和tetE（8.3%），有1株菌携带有两种tet基因，为tetC和tetD。整合子是造成细菌多耐药性的主要原因，对230株已完成药敏实验的菌株进行了Ⅰ型和Ⅱ型整合子的检测，6株菌含有Ⅰ型整合子，其中1株同时含有Ⅰ型和Ⅱ型整合子，有4个菌株含有Ⅰ型整合子的多个不同克隆。这些整合子主要主要编码抗生素抗性基因、转运蛋白或通透酶等。