本研究分别以3头24月龄的黑安格斯牛和西门塔尔牛为研究对象,运用Illumina HiSeqTM技术对采集的所有样品进行转录组测序后利用生物信息学方法和相关软件对测序结果进行归类分析,筛选出与肉质性状相关差异表达基因;为了对差异表达基因PPARD进一步研究,利用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）技术对安格斯牛和西门塔尔牛心脏、肝脏、脾脏、肺、肾、瘤胃、网胃、瓣胃、皱胃、大肠、小肠、背最长肌、皮下脂等13个组织中PPARD基因的mRNA表达量进行检测、分析,通过生物信息学方法对PPARD基因的CDS区的理化性质、信号肽、跨膜结构域、亲水性/疏水性、二级结构以及磷酸化位点和进化树等进行预测分析,研究结果表明:1.通过对转录组数据进行质量评估、参考序列比对、基因表达水平分析,同时对重复数据进行组内分析比较,最终在FPKM体现的结果为所有重复数据的平均值。再用火山图推断差异基因的整体分布情况及表达情况,并借助聚类分析、GO富集分析、KEGG富集分析、R语言等方法进行归类分析。分析得到黑安格斯牛与西门塔尔牛样本间的差异表达基因有409个,其中上调115,下调294个。对差异表达基因进一步分析,最终筛选出与肉质性状表达相关的差异表达基因PPARD、CEBPA和GADD45B基因。为了对测序结果进一步验证,分析发现与肉质性状差异表达相关基因PPARD基因在背最长肌组织中黑安格斯牛的表达量极显著高于西门塔尔牛（P<0.01）,由此可知,Q-PCR验证得到试验结果与转录组结果一致。2.通过Q-PCR表达量分析,PPARD基因mRNA在黑安格斯牛和西门塔尔牛的13种组织中均有表达,在黑安格斯牛皱胃和背最长肌中的表达量极显著高于西门塔尔牛（P<0.01）;在黑安格斯牛皱胃中的表达量极显著高于其它组织（P<0.01）,为42.36±13.256,在肝脏中的表达量最低,为0.08±0.015;在西门塔尔牛皮下脂中的表达量极显著高于其它组织（P<0.01）。黑安格斯牛PPARD基因克隆及其生物信息学分析,PPARD基因CDs区全长序列1326 bp,获得一条全长1326 bp的开放阅读框,编442个氨基酸,理论等电点为6.91,偏碱性。PPARD基因蛋白的原子组成为C2206H3490N6080647S28,分子量是49779.34,原子总数为6973,估计半衰期为30小时,不稳定指数为48.13（>40）,推测此蛋白稳定性较低。PPARD基因蛋白具有较强的亲水区域,为水溶性蛋白质,基因蛋白中共发现不存在跨膜结构域,安格斯牛PPARD蛋白可能主要在细胞质内在生物过程中参与转录调节、DNA模板化;在分子功能中与锌离子结合、核受体活性、DNA结合和DNA结合转录因子活性相关,且PPARD蛋白可能不存在信号肽,为非分泌型蛋白质。PPARD基因蛋白含有16个丝氨酸磷酸化位点,13个苏氨酸磷酸化位点,9个酪氨酸磷酸化位点,经共表达分析发现PARD基因在牛机体中存在共表达的基因有PDHB、DLAT、DLD、LOC517402和PDHA1,在其他生物有机体中 PPARD 与 RXRA、MED1、PDHB、LOC517402、DLD、PDHA1、DLAT、和 PDHA2 均存在共表达。安格斯牛PPARD基因与牛的遗传距离最近,而与褐家鼠的遗传距离最远。综上所述,本研究转录组测序结果及Q-PCR表达量分析表明PPARD基因对牛的肉质具有一定的调控作用,研究结果对宁夏地区安格斯牛的选育提供一定的理论依据。