本文通过对新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区部分序列以及细胞色素b基因部分序列进行遗传标记,结合线粒体DNA D-loop区存在的异质性,对新疆开都河、巩乃斯河、玛纳斯河以及喀什河四条河流4个野生新疆裸重唇鱼群体进行遗传多样性研究,为新疆裸重唇鱼种质资源保护提供理论基础,结论如下:1.在鲤、细鳞裂腹鱼已识别部分保守序列的基础上,针对新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区序列测定后识别了其终止序列区TAS、中央保守区CD、保守序列区CSB以其界限。通过与鲤、细鳞裂腹鱼之间对比,对这三者碱基组成进行了分析,在新疆裸重唇鱼中新识别了三个串联重复序列,与鲤、细鳞裂腹鱼相比新疆裸重唇鱼出现了较少的碱基缺失。2.对开都河、玛纳斯河、喀什河、巩乃斯河4个新疆裸重唇鱼群体,提取其线粒体DNA D-loop区部分序列,得到748 bp左右的同源序列74条。其中检测到13个单倍型,变异位点20个。新疆裸重唇鱼群体平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为Hd=0.864±0.196,Pi=0.03112±0.030475。群体间FST分析显示,玛纳斯河群体与其他群体间存在较大分化(FST>0.15),而其他群体间分化程度较低(0.05<FST<0.15)。Nm值显示,巩乃斯河群体与喀什河群体间存在极大的基因交流(Nm=1.6616)。分子系统树和单倍型网络图分析表明,玛纳斯河群体与其他群体间的单倍型关系较远,其他群体的单倍型间关系较近。3.利用线粒体DNA Cytb基因的部分序列对开都河、玛纳斯河、喀什河以及巩乃斯河的野生新疆裸重唇鱼的4个群体多样性与种群遗传结构进行分析。结果表明:在74个个体中检测到9个单倍型,变异位点15个,其中开都河21个个体检测到1个变异位点,巩乃斯河27个个体检测到10个变异位点,喀什河2个个体检测到5个变异位点,玛纳斯河24个个体检测到9个变异位点。新疆裸重唇鱼群体平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性分别为Hd=0.810±0.062和Pi=0.0059±0.0038。群体间FST分析显示,玛纳斯河群体与其他三个群体间存在较大分化(FST>0.15),而其他群体间分化程度较低。(0.05<FST<0.15)。Nm值显示,巩乃斯河群体与喀什河群体间存在极大的基因交流。分子系统树和单倍型网络图分析表明,新疆玛纳斯河群体与其他群体间的单倍型关系较远,其他群体间的单倍型关系较近。4.从线粒体DNA D-loop区筛选后的12个单倍型中各选取一个样本,针对每个样本6个组织:肌肉、鳍条、鳃、皮肤、眼睛、肝脏,研究其点异质性和长度异质性。三个不同群体线粒体DNA D-loop区点异质性研究表明,点异质性在不同群体中发生的频率相差不多,点异质性存在于肌肉中的频率最高,肝脏组织频率次之,除肌肉组织外只有一个点异质性发生于肝脏组织中,变异位点和突变碱基类型与肌肉相同。这与相关法医学有关异质性研究报道中的异质性的高发“热点”相同,即肌肉组织中发生频率最高。三个不同群体线粒体DNA D-loop区长度异质性研究表明:线粒体D-loop区5’端均存在串联重复序列TR1、TR2、TR3,其中在TR3中识别了TAS保守序列:TACAT,在TR1上游的TACAT与TR3中识别的TAS序列,可以形成稳定的发卡结构。在不同个体不同组织共计72个样本中共存在9种不同的串联重复序列,这9种不同串联重复序列的自由能最小为2.8kcal/mol,最大为0.6kcal/mol。其中a型的二级结构最为稳定,而b、f型的二级结构自由能最大,其结构不稳定。5.新疆裸重唇鱼线粒体DNA D-loop区、Cytb基因及控制区异质性研究表明,新疆裸重唇鱼玛纳斯河、喀什河群体的遗传多样性较低,其中玛纳斯河出现了一定程度地分化。除此之外新疆裸重唇鱼整体种质资源状况较差,保护新疆裸重唇鱼群体已经刻不容缓。