2015年,国家财政科学技术支出达5862.57亿元,占国家财政支出的3.33%,中央财政科学技术支出2478.39亿元,占中央财政支出的9.7%,内蒙古地方财政科学技术支出35.72亿元,占当年内蒙古自治区地方财政一般预算支出的0.84%,相较2007年科学技术支出9.22亿元,十年期间内蒙古地方财政科学技术投入增长26.5亿元,增长287%。随着我国科教兴国战略这项基本国策的逐步贯彻落实,高校获得的科研经费规模越来越大,使得科研经费管理出现的问题日益突出。本文在梳理大量国内外相关文献的基础上,根据预算管理理论、成本管理理论、绩效考核理论、内部控制理论和激励理论的相关内容,分析内蒙古自治区高校科研经费管理的现状,通过实地调研访谈发现,当前内蒙古自治区高校科研经费管理存在的问题主要有,缺乏完善的科研经费管理制度、缺乏合理的激励制度、缺乏系统的绩效考核评价制度、缺乏健全的监管机制等。本文以内蒙古自治区的14所高校作为研究对象,明确科研经费绩效考核评价的现实意义,建立绩效考评体系,选取2015年14所高校的拨入科研经费、投入科研人员、课题项目数量、毕业生、发表学术论文、出版学术专著、技术成果转化、成果授奖这8个投入产出指标,运用DEA模型分析高校的科研经费使用效率。研究发现,第一,内蒙古自治区14所高校的科研经费使用效率还有待进一步提高,此外高校的科研经费使用效率存在明显的地域差异,办学规模较大的6所高校均存在不同程度的纯技术效率无效或规模无效,应当加快科研成果转化,达到综合技术效率有效。第二,内蒙古自治区14所高校中,5所高校存在规模收益递减,这说明科研成果转化率不高,存在一定的科研经费浪费现象。这5所高校应该在现有科研经费规模下,注重加强科研产出转化,提高科研经费使用效率。第三,科研经费支出结构不合理,导致科研经费投入没有达到最优化产出水平,制约着内蒙古高校的科研事业发展,对于产出不足的高校,应当在现有的科研经费规模下,完善科研经费管理制度,促进科研成果应用转化,提高产出水平。针对模型的实证分析结果,提出完善高校科研经费管理制度、加强项目预算编制管理、项目执行过程中严格按预算执行、完善科研经费使用绩效考核制度、提高科研人员对科研经费的认识以及加强高校科研经费审计监督等对策建议,以期对内蒙古自治区高校科研经费管理有一定借鉴意义。