敲除葡萄糖脱氢酶和强化葡萄糖转运对细菌纤维素生物合成的影响及作用机制研究

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细菌纤维素(Bacterial cellulose,BC)是由微生物发酵合成的一种纳米级生物高分子聚合物,。它具有良好的生物相容性和生物可降解性、高抗张强度、高化学纯度和高结晶度等优异的特性,使其广泛的应用于食品、医药、化妆品等领域。木糖驹形氏杆菌(Komagataeibacter xylinus)是目前研究最多的BC生产菌株。目前,有很多研究者通过优化发酵条件、筛选BC高产菌株或者培养过程中菌种的自发突变,来达到提高BC产量的目的,但是通过基因工程技术提高菌株自身BC合成能力的研究相对较少,其原因之一是缺少高效的遗传操作工具。因此,在K.xylinus中建立高效的基因编辑工具,将有助于对K.xylinus进行基因水平的调控,从而达到提高BC产量目的。本研究首先利用壮观霉素抗性基因aadA以及红色荧光蛋白编码基因mRFP1对lacIq-Ptrc启动子进行表征,以验证lacIq-Ptrc启动子在K.xylinus CGMCC 2955中的活性。结果发现,当IPTG的浓度为0.1~0.5 mM时,可以诱导lacIq-Ptrc启动子的表达,使菌株可以在添加壮观霉素的培养基中生长,并且在荧光显微镜下观察到红色荧光,表明lacIq-Ptrc启动子能够应用于K.xylinus CGMCC 2955中基因的表达调控。为了提高基因敲除的效率,同时达到无抗性基因标记的目的,本研究构建了pRedGx和pFLPGx辅助质粒,将lambda Red重组系统和FLP/FRT位点特异性重组系统应用于K.xylinus CGMCC 2955,并使用lacIq-Ptrc启动子分别调控两个质粒中Red重组酶和FLP翻转酶的诱导表达。利用该系统,成功敲除葡萄糖脱氢酶编码基因gdh,阻断了副产物葡萄糖酸的生成,该重组菌株被命名为K.xylinus GX03。通过对GX03菌株进行发酵验证,发现其BC产量明显降低,并且耗糖降低,表明葡萄糖脱氢酶的敲除影响了菌体对葡萄糖的吸收,进而影响了菌体代谢和BC的合成。通过在培养基中添加乙酸,以降低培养基的初始pH,部分恢复了GX03菌株的BC生产能力。此外,添加乙醇同样可以提高GX03菌株的BC产量。这是因为乙酸/乙醇作为能源物质供给菌体生长后,提高了菌体对葡萄糖的利用能力,从而有助于BC的合成。借助pFLPGx质粒,将GX03菌株中的pRedGX质粒以及整合至基因组中的氯霉素抗性基因进行消除,得到重组菌K.xylinus GX08,用于进一步研究。为了提高对葡萄糖的转运能力,本研究将来源于运动发酵单胞菌的葡萄糖促扩散蛋白Glf以及内源葡萄糖激酶编码基因glk在GX08菌株进行过表达,得到重组菌K.xylinus GX087;同时将pBla质粒分别转化至GX08和出发菌株K.xylinus CGMCC 2955中,得到K.xylinus GX081和K.xylinus GX06,作为空质粒对照菌株。结果表明,在初始pH为6.0条件下,GX087菌株的BC产量与对照菌GX06相近,但是耗糖却降低了一半;而在初始pH为5.0条件下,GX087菌株BC产量达到最高5.96 g/L,葡萄糖到BC的转化率为0.4 g/g,比GX06菌株的最高产量(初始pH值为6.0,4.36 g/L)提高了36.73%,葡萄糖到BC的转化率提高到了121.28%。为揭示gdh基因的敲除影响K.xylinus CGMCC 2955的BC产量和特性的机制,本研究通过代谢组学和转录组学的分析手段,揭示细胞代谢和基因转录水平的调控模式。由转录组学的结果可知,gdh基因的敲除显著抑制了GX081和GX087菌株的PP(pentose phosphate)途径、ED(Entner Doudoroff)途径以及EMP(Embden–Meyerhof–Parnas)途径产能阶段中相关基因的表达。而丙酮酸代谢途径中相关基因的表达上调有助于促进乙酰CoA的合成。相对于初始pH为6.0,在初始pH为5.0条件下,GX081和GX087菌株中的泛酸激酶编码基因的表达水平下调,可能是在初始为5.0条件下,促进了乙酰CoA的合成,而乙酰CoA对泛酸激酶的表达具有反馈抑制作用,所以导致泛酸激酶的编码基因转录下调。与GX06菌株相比,GX081和GX087菌株中参与氧化磷酸化反应中复合体I亚基合成的NuoG(CT154_03680)、NuoH(CT154_03685)、NuoI(CT154_03690)、NuoJ(CT154_03695)、NuoK(CT154_03700)、NuoL(CT154_03705)和NuoN(CT154_03710)的编码基因发生上调,从而促进NADH的氧化以及电子传输效率。通过分析不同初始pH条件下GX081和GX087菌株中与葡萄糖转运相关基因的表达情况,结果表明,菌株可能是通过GalP和Glk将葡萄糖转运至胞内并进行磷酸化,进而参与菌体代谢。与GX06菌株相比,GX081和GX087菌株中纤维素合酶的编码基因bcsA、bcsB、bcsC、bcsABⅡ、bcsABⅢ、bcsCⅢ均发生上调,并且GX087菌株中的bcsB、bcsC、bcsABⅡ、bcsABⅢ和bcsCⅢ基因的上调程度更大(Log2Fold Change>1,Padj<0.05)。代谢组学结果表明,当培养基的初始pH值为6.0时,GX081菌株胞内的葡萄糖含量显著低于对照菌GX06。在初始pH值为5.0条件下,GX081菌株胞内的海藻糖和纤维二糖积累量均高于GX06菌株,而GX087菌株胞内的海藻糖和纤维二糖积累量均低于GX06菌株,海藻糖作为一种细胞保护性物质,其在GX081菌株中的积累可能是由于gdh基因的敲除严重影响了菌体代谢导致的,GX081菌株通过积累海藻糖抵御不利的环境。
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