改革开放以来,内蒙古草原畜牧业发展较快,牧民生产、生活及牧区经济社会发生了很大的变化。进入经济新常态,内蒙古草原畜牧业面临生态环境、市场经竞争和畜产品供过需求等诸多压力。这对一家一户分散经营的牧户来说是个极大的挑战,为了适应环境变化的需求,近年来牧民专业合作社有了一定的发展,但是目前牧民专业合作社仍处于初级阶段,合作重心主要在畜牧业生产领域,可是草原畜牧业面临的主要问题是流通领域问题。本文通过对锡林郭勒盟苏尼特左旗牧民专业合作社运行现状进行考察基础上,主要采用案例分析法对苏尼特左旗牧民专业合作社经营中存在的问题进行分析,并提出今后进一步完善牧民专业合作社发展的对策建议。目前苏尼特左旗牧民专业合作社经营中存在的主要问题是,经营产业链短,参与流通领域不足；合作社的组织机构和管理机制不完善；经营所需资金不足；缺乏管理人才等。提出的主要对策建议是,健全合作社的内部治理机制；完善对合作社的社会服务体系；牧民专业合作社应创新产业化发展；要培养好专业人才；要充分网络平台强化流通功能；建立合作社联盟等。