基于FabF的抑制剂分子作用机制研究及FabB/F双靶标虚拟筛选

来源 :天津理工大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:Dream_624727
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
本文首先采用分子动力学模拟、DSSP以及MM-PBSA方法,研究了FabF、FabF-PMN(FabF-Derivatives)体系的稳定性、蛋白质二级结构变化以及相对自由能变化规律。其次,采用Auto Dock和Vina对接软件对Chem Div库中化合物进行一致性打分,筛选出FabF和FabB的双靶标一致性打分低于-10 kcal/mol的化合物253个,选取代表化合物与FabF和FabB的最优结合模式进行了分析。根据ADME/T进行二次筛选,得到双靶标类药化合物34个。分子动力学模拟研究中,FabF单体体系RMSD>0.2 nm,稳定性较差。活性口袋loop区氨基酸残基波动较大,且蛋白二级结构发生变化。二元复合物体系FabF-PMN(Derivatives)在最后10 ns RMAD基本达到稳定。抑制剂与FabF结合依靠与活性口袋中His303和His340等氨基酸形成氢键,除此之外,还能与活性口袋中疏水性氨基酸(Phe202、Phe229、Phe398等)形成疏水作用,使抑制剂稳定的存在于活性口袋中。这些研究揭示了抑制剂对FabF的作用机制,为以FabF为靶标的抑制剂的虚拟筛选、结构优化以及产品开发提供理论依据。虚拟筛选中,一致性打分较好的化合物多为长链结构,将含有相似结构化合物归类分析,结果显示化合物中多含有磺酰基、酰胺、1,2,4三唑、嘧啶、噻唑等结构。化合物主要通过上述结构中的供体氢和羰基氧与活性口袋中关键氨基酸残基形成氢键、π-π堆积以及疏水作用,使配体稳定存在在活性口袋中,从而阻止酰基底物进入活性口袋完成催化反应,以此阻断脂肪酸的合成来达到抗菌的目的。为以FabF与FabB为靶标的新型抗菌剂的设计提供结构基础。
其他文献
由于能源资源的有限性及生态环境的日益恶化,使得能源的高效、清洁利用成为当今时代动力机械设备发展的主题。维勒米尔(Vuilleumier,简称VM)循环热泵是一种利用低品位热能来驱动,使热量从低温热源转移到高温热源的动力机械设备,相对于利用电能或机械能驱动来说,其转换效率更高。并且,该设备可由太阳能、天然气或工业余热等作为能量来源,因此其转换方式也更为清洁。所以,VM循环热泵的性能研究对于动力机械设
多孔氮化硼是一种新型无机类石墨多孔结构材料。与其他多孔材料一样,都具有比表面积高,孔体积大等特点。并且由于其良好的热稳定性和化学惰性、结构稳定性,是非常出色的载体
化石燃料的不可持续性与大量消耗造成了严重的生态环境和能源短缺等问题。将大气中的CO_2有效地转化为高附加价值化学工业品,将是解决环境和能源短缺问题的有效途径之一。金属有机骨架(MOFs)材料是继沸石和多孔碳之后的一类新兴多孔材料,具有结构明确、高孔隙率、易调控、易修饰与比表面积大等特性,兼具非均相催化剂可回收,易分离的特征与均相催化剂的高效性。使其在催化领域具有重要的潜在应用前景。虽然MOFs材料
本文主要探究了几种特殊变分不等式问题的迭代算法,讨论了我们所提出算法的收敛性质。全文分为五部分:第一部分介绍了变分不等式理论的发展历程和几类特殊变分不等式的研究现
《都市农业振兴基本计划》是2016年5月由日本内阁会议依据《都市农业基本法》颁布的一项计划,属于公文类文本。《都市农业振兴基本计划》客观地描述了当今日本都市农业的现状
随着国际间交流的日益加深,双语者需要在母语和外语两种语言之间进行切换。系列研究表明,双语者在母语和外语模式下的决策判断模式可能存在差异,母语模式下风险决策中的框架效应在转换到外语模式时会减弱,但也有部分研究没有发现这一现象。因此,母语和外语环境如何影响双语者的风险决策模式值得进一步深入研究。基于此,本研究采用系列风险决策任务实证实验,以被试的决策结果和反应时间为指标,探讨语言模式、框架类型和自我相
陶粒混凝土和玄武岩纤维(BFRP)筋之间的粘结作用是二者共同工作的基础。陶粒混凝土是用轻骨料、砂、水泥和水配制成的混凝土制品,具有轻质、高强、良好的耐火和耐久性等优点。在绿色环保、抗震减灾政策的前提下,陶粒混凝土是一种符合建筑结构发展方向的建筑材料。BFRP筋由于其抗拉强度高、耐腐蚀性好和自重轻等优点,被认为是替代钢筋应用于结构中的新型材料。因此,本文采用了试验研究的方法,对陶粒混凝土和BFRP筋
针对物联网设备的资源有限性和传输链路的不可靠性,IETF ROLL工作组提出了一个轻量级的RPL路由协议,使得物联网能够适应快速而频繁的网络拓扑变换。但是,由于RPL路由协议在设计之初没有对网络的安全性投入太多的关注,导致RPL路由协议面临着众多的威胁,而现如今异构设备的大量增长,更是使得物联网长期处于不安全的状态,容易受到恶意节点的攻击,所以非常有必要对RPL协议面临的安全威胁及解决方案进行更细
绿色高性能纤维增强水泥基复合材料(Green High-performance Fiber-reinforced Cementitious Composites,GHPFRCC)是在传统工程水泥基材料(PVA-Engineered Cementitious Comp
医疗领域的蓬勃发展离不开信息化、智能化的电子产品和设备,集成电路技术在人类健康医疗中扮演着无可替代的角色。无线体域网(WBAN,Wireless Body Area Network)技术自2012年IEEE 802.15.6标准获批以来,在医疗领域内迅速发展,成为运用在人体体表佩戴和人体体内植入的短距离、高抗干扰性的无线通信网络,逐渐成为学者学习和研究的热点。在通信网络传感节点中,无线收发模块通常