在晋升激励和财政分权政府管理体制的影响下,各行政辖区都有着追求经济增长的需求,因此彼此之间各自为政,竭力发挥比较优势,培育和发掘“重点开发区域”,展开了以GDP为核心指标的区域竞争。主体功能区划客观上造成了区域利益失衡,因此要在主体功能主之间引入生态补偿机制加以纠正,但这种生态补偿强调的是在同一行政辖区内由受益的优化和重点开发区域对受损的限制和禁止开发地区的补偿。由于我国主体功能区划分过于细致,导致行政辖区之间的外部性没有被充分地考虑,现有的主体功能区划忽视了行政辖区的功能雷同问题。主体功能区划愈详细,流域中行政辖区间的关系就愈复杂,辖区间的利益统筹便愈困难。如果考虑到流域因素,处于同一流域的多个行政辖区因水资源的流动性而产生了上下游关系,并发生了复杂的联系,流域内区域间有着不同于一般地区的独特关系——外部性非对称性、流域内辖区间“功能的不对称”性、区域经济发展的不平衡性等一系列流域内地区间关系的特点客观存在。这使得我们在进行主体功能区划分和制定生态补偿机制时,不能忽视这些特点。流域管理的整体性要求水资源管理部门对流域水资源实行统一管理,但我国目前的主体功能区划并没有涉及全流域统筹,缺乏对全流域实施主体功能区划的制度性保障,从而造成了行政辖区的功能雷同现象。我们关注的重点过于集中在独立的行政辖区,而没有考虑到流域因素所带来的外部性影响,这也是我国实施主体功能区划以来所产生的一个新问题,相关文献亦较少关注。流域内各行政辖区间的外部性影响亦需要通过有效的生态补偿机制实现外部性的内部化,因此合理而有效的生态补偿机制变得举足轻重。虽然,我国的主体功能区划没有进行全流域统筹,没有以流域为单元进行主体功能区划分,但《国务院关于印发全国主体功能区规划的通知》中亦针对流域生态补偿问题提出了一些建议。该文件特别强调流域国土空间中生态资源的重要作用,随着人们生活水平的不断提高,人们对“生态品”的需求亦不断加强,因此“保护生态环境,提供生态产品”成为当务之急。文件在划分四类主体功能区时,将“重要水源地”划入禁止开发区域,一般而言,“水源地”往往处于流域的上游地区,或者分布在优化或重点开发区域的上游,因此,为了主体功能区规划的顺利实施,应建立和健全财政政策、投资政策、产业政策等相关配套措施,探索建立地区间的横向援助机制。具体而言,应按照统筹上下游的要求进行开发。大江大河上游地区的各类开发要充分考虑对下游地区的影响。下游地区要积极吸纳上游地区人口,帮助上游地区修复生态环境和实现脱贫。由此可见,目前虽然缺乏对全流域层面实施主体功能区的统筹与划分,但国家出台的主体功能区规划中亦提到了应重视流域因素对各行政辖区区域规划的影响。在以晋升激励和财政分权为主体内容的制度背景下,主体功能区划分单元的趋县域化所导致的辖区功能雷同问题日益明显,由此所带来的严重后果将愈加突出,因此应当在主体功能区生态补偿中更加关注流域因素的影响,引入流域辖区间的外部性问题,从而加强流域各行政辖区间的合作关系,建立更加有效的生态补偿机制。基于主体功能区建设的要求,以生态价值理论、与公共负担平等理论和特别牺牲理论等为理论基础,将流域因素引入主体功能区生态补偿模式研究当中,整合流域水污染治理中较成熟的研究成果,将Selden和Song的单区域EKC模型扩展到两区域,结合流域区域发展水平存在差距和跨境污染负外部性非对称的特征,对调控存在与否情况下两区域的治污投入、污染水平、消费、资本存量以及社会总福利进行比较。分析结果表明,社会总福利最大时并不能保证两区域的福利都增进,这就需要引入生态补偿,对福利受损的一方进行补偿,实现社会福利的最大化。之后通过模型分析的方法对横向转移支付这一现有主体功能区生态补偿模式进行分析,并将减小地区间经济差距的发展模式——异地开发作为实现主体功能区生态补偿的模式。本文最后采用案例分析的方法,进一步论证异地开发模式作为流域因素下主体功能区生态补偿模式的可行性,并最终得出结论和政策建议。