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猪细环病毒(Torque teno sus virus,TTSuV)是一种无囊膜、环状、单股负链DNA病毒,病毒粒子直径约30~32 nm。人源TTV DNA病毒是由日本学者Nishizawa等在1997年使用代表性差异分析技术发现的一种新病毒。1999年美国学者首次从猪血清中分离到,随后不断有学者相继在多种家养及野生动物体内检测出细环病毒。猪细环病毒作为一种小DNA病毒,在世界范围内猪群中被广泛检出,且该病毒会直接或间接的影响猪群的健康,带来经济损失,引起了养猪业极大的关注。本文采用已建立的套式PCR法检测了自江西8个地区不同猪场采集的血液样品,调查了猪细环病毒1型和2型的感染情况。然后,分别使用一对特异性扩增1型和2型TTSuV全基因组序列,并分析了全基因序列及主要功能基因的遗传进化关系。收集的183份血液样品进行了猪细环病毒1型和2型的检测,检测结果显示猪细环病毒1型的感染率为40.4%,猪细环病毒2型的感染率为68.9%,其中猪细环病毒1型和2型混合感染数共55份,占36.1%。参考GenBank公布TTSu V1和TTSuV2全基因序列,参考毒株AB076001和AY823991分别设计了1对扩增TTSuV1和TTSuV2全基因扩增特异性引物,使用长片段扩增酶得到猪细环病毒全基因序列。通过T-A克隆、序列测定与拼接获得了10株TTSuV的全基因组序列,其中6株TTSuV1毒株基因组全长分别为2879 bp、2913 bp、2860 bp、2909 bp、2894 bp、2906 bp,4株TTSuV2毒株基因组全长分别为2800 bp、2796 bp、2795 bp、2793 bp。通过对试验得到的TTSuV全基因序列的同源性与遗传进化分析发现:试验得到的6株TTSuV1全基因组序列与GenBank已有全基因组序列的相似性均在75%~97%,4株TTSuV2全基因组序列的相似性均在76%~98%;系统进化树分析表明,TTSuV1-JX2与北京HM633243毒株亲缘关系最近,TTSuV1-JX3与德国GU188045毒株亲缘关系最近,TTSuV1-JX4与西班牙GU570198毒株亲缘关系最近,而TTSuV1-JX5、TTSuV1-JX6两株独立成一个分支。TTSuV2-JX1与西班牙GU570206毒株亲缘关系最近,TTSuV2-JX2、TTSuV2-JX3、TTSuV2-JX4都与西班牙GU570207毒株亲缘关系最近。通过对TTSuV1-JX3和TTSuV2-JX3各1株全基因组的ORF1蛋白分析发现,两株TTSuV的ORF1分别包含639个和623个氨基酸,TTSuV1-JX3的ORF1在8~39、44~63、88~115、307~322、590~627等位点处的氨基酸抗原表位相对最强,TTSuV2-JX3 ORF1蛋白在9~49、179~202、281~302、570~581、590~609等位点处的氨基酸抗原表位最强。