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家猪(Sus scrofa)对农业生产意义重大,也是许多人类疾病研究的理想模式动物。猪microRNA (miRNA)的研究起步较晚,而miRNA的发现与鉴定将促进基因调控机制及miRNA功能的研究。本研究采集了猪从胚胎期到180日龄10个发育阶段的完整胚胎或富有代表性的不同组织类型来构建miRNA文库,利用solexa测序技术对10个miRNA文库进行序列测定,通过自行编写的miRNA高通量测序分析程序ACGT101-miR对测序结果进行分析,主要结果如下：(1)10个miRNA文库共产生了940多万种高质量reads,对应总的序列拷贝数9,360万条。(2)得到了较完整的猪miRNA转录组,10个miRNA文库共检测到998个miRNA,对应862个pre-miRNA,其中771个为unique miRNA序列,该结果与生物信息学方法预测哺乳动物的miRNA数目有1,000个以上相接近。(3)猪miRNA在染色体上的分布特征：862个猪pre-miRNA中有基因坐标的为623个,在染色体上具有两个基因坐标的有50个。pre-miRNA在常染色体上分布的密度为每兆碱基(Mbp)0.31个,而中等长度的X染色体(0.13Bbp)上有基因坐标的pre-miRNA为66个,pre-miRNA分布密度为每Mbp 0.52个。猪pre-miRNA在基因组上的位置分布比其它哺乳动物的更分散,部分pre-miRNA以簇的形式存在于染色体上,当pre-miRNA基因间最大间距(Maximum inter-distance,MID)设为3kb、5kb、10kb、50kb时,分别形成了37、40、45和59个簇,它们分别包含了92、99、110和149个前体,猪成簇分布的前体只占623个有基因坐标的前体的14%、16%、18%和24%。(4)猪miRNA表达模式：高表达的miRNA主要是以isomiR的形式进行表达,miRNA*也是各阶段的一种重要表达方式,可能miRNA*在猪的基因调控中也发挥着重要的功能。isomiR和miRNA*增加了miRNA对基因调控的复杂性。(5)猪miRNA形成了115个种子序列家族,其中miR-1种子序列家族有52个成员,let-7和miR-122种子序列家族成员分别为50个、29个。(6)本研究鉴定得到8个猪let-7家族miRNA(let-7a～7g和let-7i),其中5个为猪新的let-7成员。猪的let-7家族miRNA具有相同的种子序列(5’-GAGGTA-3’),let-7家族miRNA在哺乳动物中的序列高度保守。(7)哺乳动物间保守的miRNA广泛表达于猪生长发育的不同阶段,猪不同生长发育阶段中表达的miRNA有60%左右为哺乳动物保守的miRNA,其中有158种保守的miRNA在构建的8～10个miRNA文库中共表达,而猪特异性的miRNA只有8种在8-10个文库中共表达。(8)猪出生前后miRNA的表达模式不同：出生前后miRNA表达差异表现为miRNA种类、数目和长度的变化,miRNA的数目随着猪日龄的增加有增加的趋势；猪miRNA在出生前长度为21-23 nt,而出生后长度为22 nt,从出生前到出生后miRNA长度范围有变窄的趋势。(9)荧光定量PCR技术检测到的30个miRNA在45种组织和2个胚胎样本中的表达结果与高通量测序结果相一致,表明本试验数据能够真实反映猪miRNA转录组的种类。