系统发育学(Phylogenetics)研究的是生物之间的进化关系，是进化生物学中一项重要的内容。系统发育的研究不仅有助于了解物种的进化历史，而且为物种适应性进化及物种多样性保护提供了理论基础。选择合适的分子片段，即遗传标记系统的建立，是分子系统发育学研究中最基础、最关键的一步，也是一个共性，基本的科学问题。　　最近的研究中，Yu等人结合模式生物基因组信息，系统筛选获得了19个新的核基因内含子片段，并将它们用于食肉目科间和亚科间等高分类阶元的系统发育关系研究，显著提高了系统发育分析的分辨率，为脊椎动物分子系统学研究提供了新的核基因标记。但是这些核基因内含子片段在亲缘关系较近的低分类阶元系统发育研究中的应用价值还没有报道。　　本论文中，我们选取经历快速物种辐射和近期物种形成事件的猫科动物为研究类群，对8个猫科谱系的18个物种的16个核基因内含子片段(＞19kb)进行扩增和测序。对这些核基因内含子片段的分析不仅证实了以前的一些系统发育假说，而且还提出了猫科谱系之间新的系统发育关系:不支持豹猫谱系的单源性，其中豹猫谱系中的兔狲与家猫谱系的关系更近，豹猫与美洲狮谱系的关系更近;支持金猫谱系和猞猁谱系的姐妹群关系。此外，为了评估不同分子标记（核基因和线粒体基因）在猫科谱系间系统发育研究中的应用价值，我们还下载了以前在猫科谱系系统发育关系中使用的30个核基因片段(＞20kb)以及新扩增了线粒体的13个蛋白编码基因(＞11kb)进行基因标记的评估。　　本论文的研究结果对其它类似经历快速物种形成的类群遗传标记系统的发展和系统发育难题的解决具有借鉴意义。此外，还对以前长期争论不休，倍受关注的猫科物种系统发育关系提出了新的假说。