薤白(Allium macrostemon Bunge)是石蒜科(Amaryllidaceae)葱属(Alli um)多年生草本,药食同源植物。原产中国,韩国,日本和俄罗斯远东。有关薤白谱系地理学的研究未见报道。本研究筛选13条ISSR引物和叶绿体基因Ps b A-trn H片段相结合对薤白的谱系地理学开展研究,同时基于现有地理分布数据与气候数据,采用生态位模拟MAXENT软件预测薤白在各个时期的潜在分布区,得到以下结果:(1)基于13条ISSR引物的遗传多样性研究显示,薤白在物种水平上,遗传多样性较高,PPB=100%,Ht=0.3165,I=0.4833,居群内基因多样性Hs=0.1498,遗传分化系数Gst=0.5267较高,居群间基因交流不频繁(Nm=0.4493)。AM OVA分析表明,遗传分化系数Fst为0.50181,表明薤白群体间的遗传变异为50.18%。遗传距离变化范围在0.0721～0.3717,其中遗传距离最小的是浙江(WZS)和安徽(CZS)居群,说明两者的亲缘关系最近,遗传距离最远的是山东(GZS)和贵州(XWX)居群,说明两者的亲缘关系最远。Mantel检验表明,遗传距离与地理距离之间呈显著相关。(2)薤白的叶绿体基因Psb A-trn H片段间隔区总长度为512bp,共检测出6个变异位点,11种单倍型,AMOVA分析表示,遗传变异主要来自于组内(56.28%),组间的遗传变异为(43.72%),遗传分化系数Fst=0.43719>0.25,说明薤白群体的遗传分化程度较高。中性检测、失配分析和Mantel检验暗示薤白物种可能发生过近期扩张。(3)生态位模拟和冰期避难所推测:薤白生态位模拟结果表明AUC值均大于0.983,生态因子中贡献率较高的是最暖季度降水量、降水量变异系数、最冷季节平均温度,贡献率依次为39.8%、15.5%、12.8%,这一结果显示温度,降水量以及季节性对薤白的影响比较大,薤白在LGM时期分布范围收缩,在全新世中期发生扩张,当前薤白分布区与全新世中期相似,基于薤白分布区适生面积的计算表明当前薤白的适生面积最大。结合叶绿体基因Psb A-trn H片段和ISSR标记数据分析,结果显示东北长白山、武陵山、安徽至浙江一带山脉地区、云贵高原和太行山以及贺兰山等地区分布的薤白居群不仅包含祖先单倍型,还存在许多私有单倍型且遗传多样性较高,因此推测是薤白第四纪大冰川时期可能存在多个避难所。