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由马铃薯Y病毒(Potato virusY,PVY)引起的烟草马铃薯Y病毒病近年来成为湖南烟草上爆发的最严重的病害之一,该病害的发生和流行对烟草产量造成巨大影响。作为RNA病毒,PVY极易产生变异,不同株系具有不同的症状表现和流行规律,且传播迅速。因此,从湖南主要烟区采集疑似烟草PVY样品,开展分子鉴定,克隆和分析等工作,为烟草PVY的预警和有效防控提供理论指导。本论文以采自郴州、永州、长沙、衡阳、湘西5个湖南主要植烟区的烟草PVY为研究对象,采用RT-PCR方法检测烟草PVY在湖南五大烟区的发生和分布情况,利用基因片段重叠法对湖南五大烟区的PVY全基因组序列进行克隆,将全基因组序列与NCBI上其他序列进行同源性比对,并初步分析其株系类型和全基因组特征。结果发现:1、湖南五大烟区的样本烟草PVY检出率较高。本论文共检测了 303份样品,有169份样品检测出PVY,总检出率为55.8%。其中永州地区的烟草PVY检出率最高,为84.4%;衡阳、郴州、长沙PVY检出率略低于永州,分别为68.2%、69.6%和42.5%;湘西地区检出率最低,仅为14.1%。2、克隆获得了湖南五大烟区PVY分离物的全基因组序列。其中,PVY-HNCZ(郴州)分离物全长9702 nt,含有一个9178 nt的开放阅读框;PVY-HNYZ(永州)分离物全长9704nt,含有一个9180nt的开放阅读框;PVY-HNHY(衡阳)分离物全长9697nt,含有一个9178 nt的开放阅读框;PVY-HNCS(长沙)分离物全长9703 nt,含有一个9180 nt的开放阅读框;PVY-HNXX(湘西)分离物全长9702nt,含有一个9178 nt的开放阅读框。同源性分析发现五个分离物全基因组与NCBI上的PVY分离物核苷酸一致性较高。系统发育分析发现湖南郴州分离物与PVYE株系属于同一群组,归属于PVYE株系;永州、衡阳、长沙和湘西分离则与PVYNTN-NW株系(SYR-I型)存在一定的相关性。通过Simplot批量分析显示,这些分离物在不同区域均存在不同程度的重组现象,在郴州分离物中检测到2个潜在的重组信号,分别位于HC-Pro/P3和6K2/VPg基因区域内,可能为PVYE株系的重组位点;永州、长沙、衡阳和湘西分离物中均检测到三个潜在的重组信号,分别位于HC-Pro/P3、6K2/VPg和Nib/CP基因区域内,与PVYNTN-NW株系(SYR-Ⅰ型)重组位点接近。该分析为后续深入开展湖南PVY分离物的生物学研究奠定了基础。