野生二粒小麦7BS染色体臂上抽穗期基因的精细定位和候选基因分析

来源 :浙江农林大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:adamsilei
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小麦抽穗期直接反映小麦品种生育期的长短,适宜的抽穗期在维持小麦高产稳产中起着关键作用。本实验室前期利用普通小麦-野生二粒小麦染色体臂置换系(Chromosome arm substitution line,CASL)在野生二粒小麦染色体7B短臂上定位到一个LOD值为7.68,表型贡献率为9.14%的QTL。本研究利用全基因组重测序和转录组测序技术对CASL7BS的染色体组成进行鉴定;通过BSR-seq技术对早晚熟混池材料中可能存在的QTL位点进行检测;根据全基因组重测序结果设计Indel引物扫描(CASL7BS×CS)F2:3群体对其抽穗期进行精细定位;通过幼穗分化差异时期的转录组数据和CASL7BS全基因组重测序基因注释筛选候选基因。主要结果如下:1.通过对CASL7BS全基因组重测序和转录组测序数据进行分析,发现CASL7BS的纯合SNP位点主要分布在Chr5A的20-500 Mb和Chr7B的0-530 Mb区间。利用SSR引物对CASL7BS扫描后确定Chr7B的0-530 Mb片段被野生二粒小麦置换。2.混池数据分析将高可信度的QTL位点定位在Chr7B上57-63 Mb区间内,与实验室前期定位区间53-64 Mb吻合。利用重测序数据设计的多态性In Del标记对(CASL7BS×CS)F2:3家系抽穗期基因进行精细定位,在Chr7B的59 962 645-61 354548 bp之间定位到一个LOD值为10,表型贡献率达到22%QTL。4.将不同材料(CASL7BS和CS)幼穗分化差异较大的两个时期(单棱期和二棱期)的四个样品进行转录组测序分析,发现在单棱期和二棱期中,CASL7BS与CS相比分别有615个差异表达基因。5.根据中国春参考基因注释信息,发现Chr7B的59-61Mb中存在26个基因,结合CASL7BS的全基因组基因注释和分析,发现26个基因中有6种基因突变类型,其中有25个基因含有上游启动子突变,对25个基因上游2000 bp启动子进行顺式作用元件预测,共比对出13个基因在顺式作用元件上发生碱基突变,其中包括脱落酸响应元件、赤霉素响应元件等。这些顺式作用元件中的碱基突变和基因中蛋白编码区中碱基突变都可能导致蛋白水平的差异,从而影响CASL7BS的抽穗期。
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