新疆由于特殊的地理位置及其发展历程，自古就是多民族聚居与融合、多宗教并存的地区，这种格局一直延续至今。宗教特别是伊斯兰教对新疆少数民族群众的生活具有重要的影响。在整个新疆多民族多宗教的格局下，南疆地区的宗教及民族状况更为复杂。因此，在南疆少数民族中小学生中开展无神论教育面临着很多实际困难和问题。本文以马克思主义宗教观和科学无神论为依据，在分析了新疆的历史、现状与发展的基础上，通过个别访谈、抽样调查、统计分析、查阅资料、理论研究等方法，对新疆南疆少数民族中小学生加强无神论教育情况进行了调查与分析，并针对存在的问题和不足提出相应的对策。本文分三个部分进行阐述和论证，研究的核心问题是如何使科学无神论教育具有针对性和实效性。第一部分：通过问卷调查和访谈、收集相关资料的方式，对南疆少数民族中小学生宗教信仰及无神论教育情况进行了调查。调查结果显示，在该地区的少数民族中小学生中存在信仰宗教和对马克思主义宗教观认识模糊的问题。因此，加强无神论教育刻不容缓。第二部分：通过对调查结果进行分析，本文从南疆少数民族地区经济社会发展滞后、少数民族中小学生科学文化基础薄弱、中小学无神论教育实效性较低、社会宗教信仰氛围浓厚、“三股势力”利用宗教向学校渗透、周边国家伊斯兰教复兴和跨界民族影响加剧等方面对南疆少数民族中小学生中存在宗教信仰以及科学无神论思想淡薄的原因做了剖析。第三部分：对策研究。提出加强南疆少数民族中小学生科学无神论教育是一个系统工程，需要动员全社会力量，从学校和政府、家庭、社会等各方面进行努力，从加快南疆全面建设小康社会的步伐、加大少数民族学生科学文化普及教育力度、健全学校教育制度、加强教师队伍建设、强化“四个认同”和马克思主义宗教观教育、深入持久开展抵御和防范宗教向学校渗透教育活动、建立健全无神论教育长效机制、加强国际合作共同打击“三股势力”等方面入手，切实加强对少数民族中小学生的无神论教育，从而为社会主义建设培养具有科学理念的合格人才提供一些切实可行的举措。